You can use -oblique2card or -card2oblique. Here are a few examples showing how to oblique or deoblique data using a cardinal anatomical dataset and an oblique EPI dataset. If warping ROIs, add "-NN" to use nearest neighbor interpolation.
# deoblique, then oblique
3dWarp -oblique2card -verb -prefix tt_epicard -overwrite epioblique+orig.'[0]'
cat_matvec tt_epicard+orig::WARPDRIVE_MATVEC_FOR_000000 > reoblique.1D
3dWarp -matvec_in2out reoblique.1D -prefix tt_epi_reoblique -overwrite \
-gridset epioblique+orig tt_card+orig.
# deoblique to anat, then oblique
3dWarp -card2oblique anat+orig -verb -prefix tt_epicard2 -overwrite epioblique+orig.'[0]'
cat_matvec tt_epicard2+orig::WARPDRIVE_MATVEC_FOR_000000 > reoblique2.1D
3dWarp -matvec_in2out reoblique2.1D -prefix tt_epi_reoblique2 -overwrite \
-gridset epioblique+orig tt_epicard2+orig.
# oblique, then deoblique
3dWarp -card2oblique epioblique+orig. -verb -prefix tt_anat_obl -overwrite anat+orig
cat_matvec tt_anat_obl+orig::WARPDRIVE_MATVEC_FOR_000000 > deoblique.1D
3dWarp -matvec_in2out deoblique.1D -prefix tt_anat_recard -gridset anat+orig. tt_anat_obl+orig.