AFNI program: 1dRplot

Output of -help


Usage:
------ 
 1dRplot is a program for plotting a 1D file
Options in alphabetical order:
------------------------------

   -addavg:  Add line at average of column

   -col.color COL1 [COL2 ...]: Colors for each column in -input.
                             COL? are integers for now.

   -col.grp 1Dfile or Rexp: integer labels defining column grouping

   -col.line.type LT1 [LT2 ...]: Line type for each column in -input.
                             LT? are integers for now.

   -col.name NAME1 [NAME2 ...]: Name of each column in -input. 
        Special flags:
             VOLREG: --> 'Roll Pitch Yaw I-S R-L A-P'

   -col.name.show : Show names of column in -input.

   -col.nozeros:  Do not plot all zeros columns

   -col.plot.char CHAR1 [CHAR2 ...] : Symbols for each column in -input.
                             CHAR? are integers (usually 0-127), or
                             characters + - I etc.
      See the following link for what CHAR? values you can use:
 http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/graphics/html/points.html

   -col.plot.type PLOT_TYPE: Column plot type. 
                          'l' for line, 'p' for points, 'b' for both

   -col.text.lym LYM_TEXT: Text to be placed at left Y margin.
                         You need one string per column.
         Special Flags: You can also use COL.NAME to use column
                         names for the margin text, or you can use
                         COL.IND to use the colum's index in the file

   -col.text.rym RYM_TEXT: Text to be placed at right Y margin.
                         You need one string per column.
        See also Special Flags section under -col.text.lym

   -col.ystack:  Scale each column and offset it based on its
                column index. This is useful for stacking
                a large number of columns on one plot.
               It is only carried out when graphing more
               than one series with the -one option.

   -grid.show : Show grid.

   -grp.label GROUP1 [GROUP2 ...]: Labels assigned to each group.
                          Default is no labeling

   -help: this help message

   -i 1D_INPUT: file to plot. This field can have multiple
                  formats. See Data Strings section below.

   -input 1D_INPUT: Same as -i

   -input_delta 1D_INPUT: file containing value for error bars

   -input_type 1D_TYPE: Type of data in 1D file.
             Choose from 'VOLREG', or 'XMAT'

   -leg.fontsize : fontsize for legend text.

   -leg.line.color : Color to use for items in legend.
              Default is taken from column line color.

   -leg.line.type : Line type to use for items in legend.
              Default is taken from column line types.
              If you want no line, set -leg.line.type = 0

   -leg.names : Names to use for items in legend.
              Default is taken from column names.

   -leg.ncol : Number of columns in legend.

   -leg.plot.char : plot characters to use for items in legend.
              Default is taken from column plot character (-col.plot.char).

   -leg.position : Legend position. Choose from:
                 bottomright, bottom, bottomleft
                 left, topleft, top, topright, right,
                 and center

   -leg.show : Show legend.

   -msg.trace: Output trace information along with errors and notices

   -nozeros:  Do not plot all zeros time series

   -one:  Put all columns on one graph

   -oneplot:  Put all columns on one graph

   -prefix PREFIX: Output prefix. See also -save. 

   -run_examples: Run all examples, one after the other.

   -save PREFIX: Save plot and quit
                    No need for -prefix with this option

   -save.Rdat : Save data list for reproducing plot in R.
              You need to specify -prefix or -save
              along with this option to set the prefix.
     For example, say you have dice.Rdat saved from a previous command
     load('dice.Rdat'); P$nodisp <- TRUE; plot.1D.eng(P)

   -save.size width height: Save figure size in pixels
                    Default is 2000 2000

   -show_allowed_options: list of allowed options

   -title TITLE: Graph title

   -TR TR: Sampling period, in seconds. 

   -verb VERB: VERB is an integer specifying verbosity level.
             0 for quiet (Default). 1 or more: talkative.

   -x 1D_INPUT: x axis. You can also use the string 'ENUM'
              to indicate that the x axis should go from
              1 to N, the number of samples in -input

   -xax.label XLABEL: Label of X axis 

   -xax.lim MIN MAX [STEP]: Range of X axis, STEP is optional

   -xax.tic.text XTTEXT: X tics text

   -yax.label YLABEL: Label of Y axis

   -yax.lim MIN MAX [STEP]: Range of X axis, STEP is optional

   -yax.tic.text YTTEXT: Y tics text 

   -zeros:  Do  plot all zeros time series


Data Strings:
-------------
You can specify input matrices and vectors in a variety of
ways. The simplest is by specifying a .1D file with all 
the trimmings of column and row selectors. You can also
specify a string that gets evaluated on the fly. 
For example: '1D: 1 4 8' evaluates to a vector of values 1 4 and 8.
Also, you can use R expressions such as: 'R: seq(0,10,3)'   


To download demo data from AFNI's website run this command:
-----------------------------------------------------------
curl -o demo.xmat.1D afni.nimh.nih.gov/pub/dist/edu/data/samples/X.xmat.1D
curl -o demo.motion.1D afni.nimh.nih.gov/pub/dist/edu/data/samples/motion.1D


Example 1 --- :
-------------------------------- 
1dRplot -input demo.X.xmat.1D'[5..10]'



Example 2 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input demo.X.xmat.1D'[5..10]' \
         -input_type XMAT



Example 3 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input demo.motion.1D \
         -input_type VOLREG



Example 4 --- :
-------------------------------- 
1dRplot -input 'R:plot.1D.testmat(100, 10)'



Example 5 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input 'R:plot.1D.testmat(100, 5)' \
         -one 



Example 6 --- :
-------------------------------- 
1dRplot -input 'R:plot.1D.testmat(100, 10)' \
         -one \
         -col.ystack



Example 7 --- :
-------------------------------- 
1dRplot -input 'R:plot.1D.testmat(100, 10)' \
         -one \
         -col.ystack \
         -col.grp '1D:1 1 1 2 2 2 3 3 3 3'  \
         -grp.label slow medium fast \
         -prefix ta.jpg \
         -yax.lim 0 18 \
         -leg.show \
         -leg.position top 



Example 8 --- :
-------------------------------- 
1dRplot -input 'R:plot.1D.testmat(100, 10)' \
         -one \
         -col.ystack \
         -col.grp '1D:1 1 1 2 2 2 3 3 3 3'  \
         -grp.label slow medium fast \
         -prefix tb.jpg \
         -yax.lim 0 18 \
         -leg.show \
         -leg.position top \
         -nozeros \
         -addavg 



Example 9 --- :
-------------------------------- 
1dRplot -input 'R:plot.1D.testmat(100, 10)' \
         -one \
         -col.ystack \
         -col.grp '1D:1 1 1 2 2 2 3 3 3 3'  \
         -grp.label slow medium fast \
         -prefix tb.jpg \
         -yax.lim 0 18 \
         -leg.show \
         -leg.position top \
         -nozeros \
         -addavg \
         -col.text.lym Tutti mi chiedono tutti mi vogliono \
                       Donne ragazzi vecchi fanciulle \
         -col.text.rym "R:paste('Col',seq(1,10), sep='')" 



Example 10 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input 'R:plot.1D.testmat(100, 2)' \
         -one \
         -col.plot.char 2 \
         -col.plot.type p  



Example 11 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input 'R:plot.1D.testmat(100, 2)' \
         -one \
         -col.line.type 3 \
         -col.plot.type l 



Example 12 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input 'R:plot.1D.testmat(100, 2)' \
         -one \
         -col.plot.char 2 \
         -col.line.type 3 \
         -col.plot.type b 



Example 13 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input 'R:plot.1D.testmat(100, 2)' \
         -one \
         -col.plot.char 2 5\
         -col.line.type 3 4\
         -col.plot.type b \
         -TR 2 



Example 14 --- :
-------------------------------- 
1dRplot  -input 'R:plot.1D.testmat(100, 2)' \
         -one -col.plot.char 2 -col.line.type 3 \
         -col.plot.type b -TR 2 \
         -yax.tic.text 'numa numa numa numaei' \
         -xax.tic.text 'Alo'  'Salut' 'sunt eu' 'un haiduc'
This page auto-generated on Thu May 3 04:28:04 EDT 2012