AFNI program: 3dBRAIN_VOYAGERtoAFNI

Output of -help


Usage: 3dBRAIN_VOYAGERtoAFNI <-input BV_VOLUME.vmr> 
                             [-bs] [-qx] [-tlrc|-acpc|-orig] [<-prefix PREFIX>]
 
 Converts a BrainVoyager vmr dataset to AFNI's BRIK format
 The conversion is based on information from BrainVoyager's
 website: www.brainvoyager.com. 
 Sample data and information provided by 
  Adam Greenberg and Nikolaus Kriegeskorte.

  If you get error messages about the number of
 voxels and file size, try the options below.
 I hope to automate these options once I have
 a better description of the BrainVoyager QX format.

  Optional Parameters:
  -bs: Force byte swapping.
  -qx: .vmr file is from BrainVoyager QX
  -tlrc: dset in tlrc space
  -acpc: dset in acpc-aligned space
  -orig: dset in orig space
  If unspecified, the program attempts to guess the view from
  the name of the input.
   [-novolreg|-noxform]: Ignore any Rotate, Volreg, Tagalign, 
                or WarpDrive transformations present in 
                the Surface Volume.
   [-setenv "'ENVname=ENVvalue'"]: Set environment variable ENVname
                to be ENVvalue. Quotes are necessary.
             Example: suma -setenv "'SUMA_BackgroundColor = 1 0 1'"
                See also options -update_env, -environment, etc
                in the output of 'suma -help'
  Common Debugging Options:
   [-trace]: Turns on In/Out debug and Memory tracing.
             For speeding up the tracing log, I recommend 
             you redirect stdout to a file when using this option.
             For example, if you were running suma you would use:
             suma -spec lh.spec -sv ... > TraceFile
             This option replaces the old -iodbg and -memdbg.
   [-TRACE]: Turns on extreme tracing.
   [-nomall]: Turn off memory tracing.
   [-yesmall]: Turn on memory tracing (default).
  NOTE: For programs that output results to stdout
    (that is to your shell/screen), the debugging info
    might get mixed up with your results.


Global Options (available to all AFNI/SUMA programs)
   -overwrite: Overwrite existing output dataset.
               Equivalent to setting env. AFNI_DECONFLICT=OVERWRITE
   -ok_1D_text: Zero out uncommented text in 1D file.
                Equivalent to setting env. AFNI_1D_ZERO_TEXT=YES
   -Dname=val: Set environment variable 'name' to value 'val'
             For example: -DAFNI_1D_ZERO_TEXT=YES
   -Vname=: Print value of environment variable 'name' to stdout and quit.
            This is more reliable that the shell's env query because it would
            include envs set in .afnirc files and .sumarc files for SUMA
            programs.
             For example: -VAFNI_1D_ZERO_TEXT=
   -all_opts: Try to identify all options for the program from the
              output of its -help option. Some options might be missed
              and others misidentified. Use this output for hints only.
   -h_find WORD: Look for lines in this programs's -help output that match
                 (approximately) WORD.
   -h_view: Open help in text editor. AFNI will try to find a GUI editor
            on your machine. You can control which it should use by
            setting environment variable AFNI_GUI_EDITOR.
   -h_web: Open help in web browser. AFNI will try to find a browser
            on your machine. You can control which it should use by
            setting environment variable AFNI_GUI_EDITOR.
   -skip_afnirc: Do not read the afni resource (like ~/.afnirc) file.
   -pad_to_node NODE: Output a full dset from node 0 to MAX_NODE-1
                   ** Instead of directly setting NODE to an integer you 
                      can set NODE to something like:
                   ld120 (or rd17) which sets NODE to be the maximum 
                      node index on an Icosahedron with -ld 120. See 
                      CreateIcosahedron for details.
                   d:DSET.niml.dset which sets NODE to the maximum node found
                      in dataset DSET.niml.dset.
                   ** This option is for surface-based datasets only.
                      Some programs may not heed it, so check the output if
                      you are not sure.
   -pif SOMETHING: Does absolutely nothing but provide for a convenient
                   way to tag a process and find it in the output of ps -a
   -echo_edu: Echos the entire command line to stdout (without -echo_edu)
              for edification purposes



Compile Date:
   May  2 2012

       Ziad S. Saad SSCC/NIMH/NIH saadz@mail.nih.gov     
This page auto-generated on Thu May 3 04:28:10 EDT 2012