AFNI program: 3dFWHMx

Output of -help

Usage: 3dFWHMx [options] dataset

Unlike the older 3dFWHM, this program computes FWHMs for all sub-bricks
in the input dataset, each one separately.  The output for each one is
written to the file specified by '-out'.  The mean (arithmetic or geometric)
of all the FWHMs along each axis is written to stdout.  (A non-positive
output value indicates something happened; e.g., FWHM in z is meaningless
for a 2D dataset.)

METHODS:
 - Calculate ratio of variance of first differences to data variance.
 - Should be the same as 3dFWHM for a 1-brick dataset.
   (But the output format is simpler to use in a script.)

OPTIONS:
  -mask mmm   = Use only voxels that are nonzero in dataset 'mmm'.
  -automask   = Compute a mask from THIS dataset, a la 3dAutomask.
                [Default = use all voxels]

  -input ddd }=
    *OR*     }= Use dataset 'ddd' as the input.
  -dset  ddd }=

  -demed      = If the input dataset has more than one sub-brick
                (e.g., has a time axis), then subtract the median
                of each voxel's time series before processing FWHM.
                This will tend to remove intrinsic spatial structure
                and leave behind the noise.
                [Default = don't do this]
  -unif       = If the input dataset has more than one sub-brick,
                then normalize each voxel's time series to have
                the same MAD before processing FWHM.  Implies -demed.
                [Default = don't do this]
  -detrend [q]= Instead of demed (0th order detrending), detrend to
                order 'q'.  If q is not given, the program picks q=NT/30.
                -detrend disables -demed, and includes -unif.
        **N.B.: I recommend this option, and it is not the default
                only for historical compatibility reasons.  It may
                become the default someday. Depending on my mood.
                It is already the default in program 3dBlurToFWHM.
        **N.B.: This is the same detrending as done in 3dDespike;
                using 2*q+3 basis functions for q > 0.
        ******* If you don't use '-detrend', the program now [Aug 2010]
                checks if a large number of voxels are have significant
                nonzero means. If so, the program will print a warning
                message suggesting the use of '-detrend', since inherent
                spatial structure in the image will bias the estimation
                of the FWHM of the image time series NOISE (which is usually
                the point of using 3dFWHMx).
  -detprefix d= Save the detrended file into a dataset with prefix 'd'.
                Used mostly to figure out what the hell is going on,
                when strange results transpire.

  -geom      }= If the input dataset has more than one sub-brick,
    *OR*     }= compute the final estimate as the geometric mean
  -arith     }= or the arithmetic mean of the individual sub-brick
                FWHM estimates. [Default = -geom, for no good reason]

  -combine    = combine the final measurements along each axis into
                one result

  -out ttt    = Write output to file 'ttt' (3 columns of numbers).
                If not given, the sub-brick outputs are not written.
                Use '-out -' to write to stdout, if desired.

  -compat     = Be compatible with the older 3dFWHM, where if a
                voxel is in the mask, then its neighbors are used
                for differencing, even if they are not themselves in
                the mask.  This was an error; now, neighbors must also
                be in the mask to be used in the differencing.
                Use '-compat' to use the older method.
              **NOT RECOMMENDED except for comparison purposes!

SAMPLE USAGE: (tcsh)
  set zork = ( `3dFWHMx -automask -input junque+orig` )
Captures the FWHM-x, FWHM-y, FWHM-z values into shell variable 'zork'.

INPUT FILE RECOMMENDATIONS:
* For FMRI statistical purposes, you DO NOT want the FWHM to reflect
  the spatial structure of the underlying anatomy.  Rather, you want
  the FWHM to reflect the spatial structure of the noise.  This means
  that the input dataset should not have anatomical (spatial) structure.
* One good form of input is the output of '3dDeconvolve -errts', which is
  the dataset of residuals left over after the GLM fitted signal model is
  subtracted out from each voxel's time series.
* If you don't want to go to that much trouble, use '-detrend' to approximately
  subtract out the anatomical spatial structure, OR use the output of 3dDetrend
  for the same purpose.
* If you do not use '-detrend', the program attempts to find non-zero spatial
  structure in the input, and will print a warning message if it is detected.

 *** Do NOT use 3dFWHMx on the statistical results (e.g., '-bucket') from ***
 *** 3dDeconvolve or 3dREMLfit!!!  The function of 3dFWHMx is to estimate ***
 *** the smoothness of the time series NOISE, not of the statistics. This ***
 *** proscription is especially true if you plan to use 3dClustSim next!! ***

IF YOUR DATA HAS SMOOTH-ISH SPATIAL STRUCTURE YOU CAN'T GET RID OF:
For example, you only have 1 volume, say from PET imaging.  In this case,
the standard estimate of the noise smoothness will be mixed in with the
structure of the background.  An approximate way to avoid this problem
is provided with the semi-secret '-2difMAD' option, which uses a combination of
first-neighbor and second-neighbor differences to estimate the smoothness,
rather than just first-neighbor differences, and uses the MAD of the differences
rather than the standard deviation.  (If you must know the details, read the
source code in mri_fwhm.c!)                    [For Jatin Vaidya, March 2010]

ALSO SEE:
* The older program 3dFWHM is now superseded by 3dFWHMx.
* The program 3dClustSim takes as input the FHWM estimates and then
  estimates the cluster sizes thresholds to help you get 'corrected'
  (for multiple comparisons) p-values.
* 3dLocalstat -stat FWHM will estimate the FWHM values at each voxel,
  using the same first-difference algorithm as this program, but applied
  only to a local neighborhood of each voxel in turn.
* 3dBlurToFWHM will iteratively blur a dataset (inside a mask) to have a
  given global FWHM.
* 3dBlurInMask will blur a dataset inside a mask, but doesn't measure FWHM.

-- Bob Cox - Halloween 2006 --- BOO!

++ Compile date = May  2 2012
This page auto-generated on Thu May 3 04:28:15 EDT 2012