AFNI program: 3dLocalstat

Output of -help

++ 3dLocalstat: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (May 31 2013) [64-bit]
++ Authored by: Emperor Zhark
Usage: 3dLocalstat [options] dataset

This program computes statistics at each voxel, based on a
local neighborhood of that voxel.
 - The neighborhood is defined by the '-nbhd' option.
 - Statistics to be calculated are defined by the '-stat' option(s).

OPTIONS
-------
 -nbhd 'nnn' = The string 'nnn' defines the region around each
               voxel that will be extracted for the statistics
               calculation.  The format of the 'nnn' string are:
               * 'SPHERE(r)' where 'r' is the radius in mm;
                 the neighborhood is all voxels whose center-to-
                 center distance is less than or equal to 'r'.
                 ** A negative value for 'r' means that the region
                    is calculated using voxel indexes rather than
                    voxel dimensions; that is, the neighborhood
                    region is a "sphere" in voxel indexes of
                    "radius" abs(r).
               * 'RECT(a,b,c)' is a rectangular block which
                 proceeds plus-or-minus 'a' mm in the x-direction,
                 'b' mm in the y-direction, and 'c' mm in the
                 z-direction.  The correspondence between the
                 dataset xyz axes and the actual spatial orientation
                 can be determined by using program 3dinfo.
                 ** A negative value for 'a' means that the region
                    extends plus-and-minus abs(a) voxels in the
                    x-direction, rather than plus-and-minus a mm.
                    Mutatis mutandum for negative 'b' and/or 'c'.
               * 'RHDD(a)' where 'a' is the size parameter in mm;
                 this is Kepler's rhombic dodecahedron [volume=2*a^3].
               * 'TOHD(a)' where 'a' is the size parameter in mm;
                 this is a truncated octahedron. [volume=4*a^3]
                 ** This is the polyhedral shape that tiles space
                    and is the most 'sphere-like'.
               * If no '-nbhd' option is given, the region extracted
                 will just be the voxel and its 6 nearest neighbors.
               * Voxels not in the mask (if any) or outside the
                 dataset volume will not be used.  This means that
                 different output voxels will have different numbers
                 of input voxels that went into calculating their
                 statistics.  The 'num' statistic can be used to
                 get this count on a per-voxel basis, if you need it.

 -stat sss   = Compute the statistic named 'sss' on the values
               extracted from the region around each voxel:
               * mean   = average of the values
               * stdev  = standard deviation
               * var    = variance (stdev*stdev)
               * cvar   = coefficient of variation = stdev/fabs(mean)
               * median = median of the values
               * MAD    = median absolute deviation
               * min    = minimum
               * max    = maximum
               * absmax = maximum of the absolute values
               * num    = number of the values in the region:
                          with the use of -mask or -automask,
                          the size of the region around any given
                          voxel will vary; this option lets you
                          map that size.  It may be useful if you
                          plan to compute a t-statistic (say) from
                          the mean and stdev outputs.
               * sum    = sum of the values in the region:
               * FWHM   = compute (like 3dFWHM) image smoothness
                          inside each voxel's neighborhood.  Results
                          are in 3 sub-bricks: FWHMx, FHWMy, and FWHMz.
                          Places where an output is -1 are locations
                          where the FWHM value could not be computed
                          (e.g., outside the mask).
               * FWHMbar= Compute just the average of the 3 FWHM values
                          (normally would NOT do this with FWHM also).
               * perc:P0:P1:Pstep = 
                          Compute percentiles between P0 and P1 with a 
                          step of Pstep.
                          Default P1 is equal to P0 and default P2 = 1
               * rank   = rank of the voxel's intensity
               * frank  = rank / number of voxels in neighborhood
               * P2skew = Pearson's second skewness coefficient
                           3 * (mean - median) / stdev 
               * ALL    = all of the above, in that order 
                         (except for FWHMbar and perc).
               * mMP2s  = Exactly the same output as:
                          -stat median -stat MAD -stat P2skew
                          but it a little faster
               * mmMP2s  = Exactly the same output as:
                       -stat mean -stat median -stat MAD -stat P2skew

               More than one '-stat' option can be used.

 -mask mset  = Read in dataset 'mset' and use the nonzero voxels
               therein as a mask.  Voxels NOT in the mask will
               not be used in the neighborhood of any voxel. Also,
               a voxel NOT in the mask will have its statistic(s)
               computed as zero (0) -- usually (cf. supra).
 -automask   = Compute the mask as in program 3dAutomask.
               -mask and -automask are mutually exclusive: that is,
               you can only specify one mask.

 -use_nonmask = Just above, I said that voxels NOT in the mask will
                not have their local statistics computed.  This option
                will make it so that voxels not in the mask WILL have
                their local statistics computed from all voxels in
                their neighborhood that ARE in the mask.
               * You could use '-use_nonmask' to compute the average
                 local white matter time series, for example, even at
                 non-WM voxels.

 -prefix ppp = Use string 'ppp' as the prefix for the output dataset.
               The output dataset is normally stored as floats.

 -datum type = Coerce the output data to be stored as the given type, 
               which may be byte, short, or float.
               Default is float

 -reduce_grid Rx [Ry Rz] = Compute output on a grid that is 
                           reduced by a factor of Rx Ry Rz in
                           the X, Y, and Z directions of the 
                           input dset. This option speeds up 
                           computations at the expense of 
                           resolution. You should only use it
                           when the nbhd is quite large with 
                           respect to the input's resolution,
                           and the resultant stats are expected
                           to be smooth. 
                           You can either set Rx, or Rx Ry and Rz.
                           If you only specify Rx the same value
                           is applied to Ry and Rz.

 -reduce_restore_grid Rx [Ry Rz] = Like reduce_grid, but also resample
                                   output back to input grid.
 -reduce_max_vox MAX_VOX = Like -reduce_restore_grid, but automatically
                           set Rx Ry Rz so that the computation grid is
                           at a resolution of nbhd/MAX_VOX voxels.
 -grid_rmode RESAM = Interpolant to use when resampling the output with
                     reduce_restore_grid option. The resampling method
                     string RESAM should come from the set 
                     {'NN', 'Li', 'Cu', 'Bk'}.  These stand for
                     'Nearest Neighbor', 'Linear', 'Cubic'
                     and 'Blocky' interpolation, respectively.
                     Default is Linear
 -quiet      = Stop the highly informative progress reports.

Author: RWCox - August 2005.  Instigator: ZSSaad.

 =========================================================================
* This binary version of 3dLocalstat is NOT compiled using OpenMP, a
   semi-automatic parallelizer software toolkit, which splits the work
   across multiple CPUs/cores on the same shared memory computer.
* However, the source code is modified for OpenMP, and can be compiled
   with an OpenMP-capable compiler, such as gcc 4.2+, Intel's icc, and
   Sun Studio.
* If you wish to compile this program with OpenMP, see the man page for
   your C compiler, and (if needed) consult the AFNI message board, and
   http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/misc/OpenMP.html

++ Compile date = May 31 2013
This page auto-generated on Mon Jun 3 08:37:29 EDT 2013