AFNI program: 3dNwarpApply

Output of -help

Usage: 3dNwarpApply [options] sourcedataset

Program to apply a nonlinear 3D warp saved from 3dAllineate -nwarp_save
(or from 3dNwarpCalc) to a 3D dataset, to produce a warped version of
the source dataset.

OPTIONS:
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 -nwarp  www  = 'www' is the name of the 3D warp dataset
 -wfac   fff  = Scale the warp by factor 'fff' [default=1.0]
 -source sss  = 'sss' is the name of the source dataset
                ++ That is, the dataset to be warped
 -master mmm  = 'mmm  is the name of the master dataset
                ++ Defines the output grid.
                ++ If '-master' is not used, then output
                   grid is the same as the source dataset grid.
 -newgrid dd  = 'dd' is the new grid spacing (in mm)
                ++ This lets you resize the grid without
                   needing to use '-master'.
 -interp iii  = 'iii' is the interpolation mode
                ++ Default interpolation mode is 'wsinc5' (slowest, bestest)
                ++ Available modes are the same as in 3dAllineate:
                     NN  linear  cubic  quintic  wsinc5
                ++ The same interpolation mode is used for the warp
                   itself (if needed) and then for the data being warped.
 -prefix ppp  = 'ppp' is the name of the new output dataset
 -quiet       = Don't be verbose :-(
 -verb        = Be extra verbose :-)

NOTES:
------
* At present, this program doesn't work with 2D warps, only with 3D.

* At present, the output is always in float format, no matter what
   absurd data type is in the input.

* Program 3dNwarpCalc could be used to operate on 3D warps:
  ++ e.g.: catenate (compose) them; invert or square root them.
  ++ 3dNwarpCalc also has built-in a slightly simplified version
     of 3dNwarpApply's functionality, so that you can calculate a
     warp and apply it to a dataset in one program.

AUTHOR -- RWCox -- Anno Domini Two Thousand Eleven

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* This binary version of 3dNwarpApply is NOT compiled using OpenMP, a
   semi-automatic parallelizer software toolkit, which splits the work
   across multiple CPUs/cores on the same shared memory computer.
* However, the source code is modified for OpenMP, and can be compiled
   with an OpenMP-capable compiler, such as gcc 4.2+, Intel's icc, and
   Sun Studio.
* If you wish to compile this program with OpenMP, see the man page for
   your C compiler, and (if needed) consult the AFNI message board, and
   http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/misc/OpenMP.html

++ Compile date = May  2 2012
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