AFNI program: 3dSeg

Output of -help

3dSeg segments brain volumes into tissue classes.

Example 1: Segmenting a T1 volume with:
              Brain mask, No prior volumes, Uniform mixing fraction
           3dSeg    -anat anat.nii    -mask AUTO \
                    -classes 'CSF ; GM ; WM' -bias_classes 'GM ; WM' \
                    -bias_fwhm 25 -mixfrac UNI -main_N 5 \
                    -blur_meth BFT
Options:



   -anat ANAT: ANAT is the volume to segment
   -mask MASK: MASK only non-zero voxels in MASK are analyzed.
        MASK is useful when no voxelwise priors are available.
        MASK can either be a dataset or the string 'AUTO'
        which would use AFNI's automask function to create the mask.

   -blur_meth BMETH: Set the blurring method for bias field estimation.
     -blur_meth takes one of: BFT, BIM, 
             BFT: Use Fourier smoothing, masks be damned.
             BIM: Blur in mask, slower, more accurate, not necessarily 
                  better bias field estimates.
             BNN: A crude blurring in mask. Faster than BIM but it does
                  not result in accurate FWHM. This option is for 
                  impatient testing. Do not use it.
             LSB: Localstat moving average smoothing. Debugging only. 
                  Do not use.

     default: BFT
   25.0
   -classes 'CLASS_STRING': CLASS_STRING is a semicolon delimited
                         string of class labels. At the moment
                         CLASS_STRING can only be 'CSF; GM; WM'

   -Bmrf BMRF: Weighting factor controlling influence of MRF step. 
            BMRF = 0.0 means no MRF, 1.0 is typical, the larger BMRF
            the stronger the MRF. Use -Bmrf when you have no voxelwise
            priors.

     default: 1.0
   -bias_classes 'BIAS_CLASS_STRING': A semcolon demlimited string of 
                                   classes that contribute to the 
                                   estimation of the bias field.

     default: 'GM; WM'
   -prefix PREF: PREF is the prefix for all output volume that are not 
              debugging related.

     default: Segsy
This page auto-generated on Thu May 3 04:28:29 EDT 2012