AFNI program: 3dTcorrelate

Output of -help

Usage: 3dTcorrelate [options] xset yset
Computes the correlation coefficient between corresponding voxel
time series in two input 3D+time datasets 'xset' and 'yset', and
stores the output in a new 1 sub-brick dataset.

Options:
  -pearson  = Correlation is the normal Pearson (product moment)
                correlation coefficient [this is the default method].
  -spearman = Correlation is the Spearman (rank) correlation
                coefficient.
  -quadrant = Correlation is the quadrant correlation coefficient.
  -ktaub    = Correlation is Kendall's tau_b coefficient.
              ++ For 'continuous' or finely-discretized data, tau_b
                 and rank correlation are nearly equivalent.

  -polort m = Remove polynomical trend of order 'm', for m=-1..3.
                [default is m=1; removal is by least squares].
                Using m=-1 means no detrending; this is only useful
                for data/information that has been pre-processed.

  -ort r.1D = Also detrend using the columns of the 1D file 'r.1D'.
                Only one -ort option can be given.  If you want to use
                more than one, create a temporary file using 1dcat.

  -autoclip = Clip off low-intensity regions in the two datasets,
  -automask =  so that the correlation is only computed between
               high-intensity (presumably brain) voxels.  The
               intensity level is determined the same way that
               3dClipLevel works.

  -prefix p = Save output into dataset with prefix 'p'
               [default prefix is 'Tcorr'].

Notes:
* The output dataset is functional bucket type, with just one
   sub-brick, stored in floating point format.
* Because both time series are detrended prior to correlation,
   the results will not be identical to using FIM or FIM+ to
   calculate correlations (whose ideal vector is not detrended).
* Also see 3dTcorr1D if you want to correlate each voxel time series
   in a dataset xset with a single 1D time series file.
* http://en.wikipedia.org/wiki/Correlation
* http://en.wikipedia.org/wiki/Pearson_product-moment_correlation_coefficient
* http://en.wikipedia.org/wiki/Spearman%27s_rank_correlation_coefficient
* http://en.wikipedia.org/wiki/Kendall_tau_rank_correlation_coefficient

-- RWCox - Aug 2001

++ Compile date = May  2 2012
This page auto-generated on Thu May 3 04:28:33 EDT 2012