AFNI program: SurfExtrema

Output of -help


Usage: A program finding the local extrema in a dataset.
   The program finds the nodes with the highest value within an Rmm
   radius, and at which the gradient of the signal meets a preset
   threshold.
   By default, the program searches for maxima.

 -input DSET = Dset in which Extrema are to be identified.
               If you do not specify one, the program use the surface's
               convexity dataset.
 -hood R     = Neighborhood of node n consists of nodes within R 
 -nbhd_rad R = distance from n as measured by the shortest 
               distance along the mesh.
               Default is 8 mm
 -thresh TH  = Do not consider nodes with value less than TH
               Default is 0
 -gthresh GTH = Do not consider nodes with gradient less than GTH.
                Default is 0.01
 -gscale SCL = What scaling to apply to gradient computation.
               Choose from:
        NONE: g[n] = sum(v[n]-v[k])/Nk with k the neighbs. of n
        LMEAN : Divide g[n] by mean of n and its neighbors * 100
        GMEAN : Divide g[n] by mean of all nodes in mask * 100
             Default is LMEAN
 -extype TYP = Find maxima, minima, or extrema.
               TYP is one of: MAX (default)
                              MIN 
                              ABS 
 -prefix PREFIX = Prefix of two output data sets.
                  First dset is called PREFIX.grd and contains the 
                  scaled average gradient values.
                  Second dset is called PREFIX.ext and contains the 
                  nodes with maximum values. The value of a non-zero
                  node is its rank.
 -table TABLE = Name of file in which to store a record of the extrema
                found. The header part of TABLE contains examples
                for easily extracting certain values from it.

 Examples:
 ---------
 1-  SurfExtrema -i SUMA/std141.rh.smoothwm.asc \
                 -input pb05.rh.niml.dset'[1]' \
                 -gscale LMEAN \
                 -prefix ex1.rh \
                 -table ex1.log 
 
 Specifying input surfaces using -i or -i_TYPE options: 
    -i_TYPE inSurf specifies the input surface,
            TYPE is one of the following:
       fs: FreeSurfer surface. 
           If surface name has .asc it is assumed to be
           in ASCII format. Otherwise it is assumed to be
           in BINARY_BE (Big Endian) format.
           Patches in Binary format cannot be read at the moment.
       sf: SureFit surface. 
           You must specify the .coord followed by the .topo file.
       vec (or 1D): Simple ascii matrix format. 
            You must specify the coord (NodeList) file followed by 
            the topo (FaceSetList) file.
            coord contains 3 floats per line, representing 
            X Y Z vertex coordinates.
            topo contains 3 ints per line, representing 
            v1 v2 v3 triangle vertices.
       ply: PLY format, ascii or binary.
            Only vertex and triangulation info is preserved.
       mni: MNI .obj format, ascii only.
            Only vertex, triangulation, and node normals info is preserved.
       byu: BYU format, ascii.
            Polygons with more than 3 edges are turned into
            triangles.
       bv: BrainVoyager format. 
           Only vertex and triangulation info is preserved.
       dx: OpenDX ascii mesh format.
           Only vertex and triangulation info is preserved.
           Requires presence of 3 objects, the one of class 
           'field' should contain 2 components 'positions'
           and 'connections' that point to the two objects
           containing node coordinates and topology, respectively.
       gii: GIFTI XML surface format.
 Note that if the surface filename has the proper extension, 
 it is enough to use the -i option and let the programs guess
 the type from the extension.
     -onestate: Make all -i_* surfaces have the same state, i.e.
                they all appear at the same time in the viewer.
                By default, each -i_* surface has its own state. 
                For -onestate to take effect, it must precede all -i
                options with on the command line. 
     -anatomical: Label all -i surfaces as anatomically correct.
                Again, this option should precede the -i_* options.
 Specifying surfaces using -t* options: 
   -tn TYPE NAME: specify surface type and name.
                  See below for help on the parameters.
   -tsn TYPE STATE NAME: specify surface type state and name.
        TYPE: Choose from the following (case sensitive):
           1D: 1D format
           FS: FreeSurfer ascii format
           PLY: ply format
           MNI: MNI obj ascii format
           BYU: byu format
           SF: Caret/SureFit format
           BV: BrainVoyager format
           GII: GIFTI format
        NAME: Name of surface file. 
           For SF and 1D formats, NAME is composed of two names
           the coord file followed by the topo file
        STATE: State of the surface.
           Default is S1, S2.... for each surface.
 Specifying a Surface Volume:
    -sv SurfaceVolume [VolParam for sf surfaces]
       If you supply a surface volume, the coordinates of the input surface.
        are modified to SUMA's convention and aligned with SurfaceVolume.
        You must also specify a VolParam file for SureFit surfaces.
 Specifying a surface specification (spec) file:
    -spec SPEC: specify the name of the SPEC file.

  SUMA dataset input options:
      -input DSET: Read DSET1 as input.
                   In programs accepting multiple input datasets
                   you can use -input DSET1 -input DSET2 or 
                   input DSET1 DSET2 ...
       NOTE: Selecting subsets of a dataset:
             Much like in AFNI, you can select subsets of a dataset
             by adding qualifiers to DSET.
           Append #SEL# to select certain nodes.
           Append [SEL] to select certain columns.
           Append {SEL} to select certain rows.
           The format of SEL is the same as in AFNI, see section:
           'INPUT DATASET NAMES' in 3dcalc -help for details.
           Append [i] to get the node index column from
                      a niml formatted dataset.
           *  SUMA does not preserve the selection order 
              for any of the selectors.
              For example:
              dset[44,10..20] is the same as dset[10..20,44]
              Also, duplicate values are not supported.
              so dset[13, 13] is the same as dset[13].
              I am not proud of these limitations, someday I'll get
              around to fixing them.



 SUMA mask options:
      -n_mask INDEXMASK: Apply operations to nodes listed in
                            INDEXMASK  only. INDEXMASK is a 1D file.
      -b_mask BINARYMASK: Similar to -n_mask, except that the BINARYMASK
                          1D file contains 1 for nodes to filter and
                          0 for nodes to be ignored.
                          The number of rows in filter_binary_mask must be
                          equal to the number of nodes forming the
                          surface.
      -c_mask EXPR: Masking based on the result of EXPR. 
                    Use like afni's -cmask options. 
                    See explanation in 3dmaskdump -help 
                    and examples in output of 3dVol2Surf -help
      NOTE: Unless stated otherwise, if n_mask, b_mask and c_mask 
            are used simultaneously, the resultant mask is the intersection
            (AND operation) of all masks.



  SUMA communication options:
      -talk_suma: Send progress with each iteration to SUMA.
      -refresh_rate rps: Maximum number of updates to SUMA per second.
                         The default is the maximum speed.
      -send_kth kth: Send the kth element to SUMA (default is 1).
                     This allows you to cut down on the number of elements
                     being sent to SUMA.
      -sh <SumaHost>: Name (or IP address) of the computer running SUMA.
                      This parameter is optional, the default is 127.0.0.1 
      -ni_text: Use NI_TEXT_MODE for data transmission.
      -ni_binary: Use NI_BINARY_MODE for data transmission.
                  (default is ni_binary).
      -feed_afni: Send updates to AFNI via SUMA's talk.
   -np PORT_OFFSET: Provide a port offset to allow multiple instances of
                    AFNI <--> SUMA, AFNI <--> 3dGroupIncorr, or any other
                    programs that communicate together to operate on the same
                    machine. 
                    All ports are assigned numbers relative to PORT_OFFSET.
         The same PORT_OFFSET value must be used on all programs
           that are to talk together. PORT_OFFSET is an integer in
           the inclusive range [1025 to 65500]. 
         When you want to use multiple instances of communicating programs, 
           be sure the PORT_OFFSETS you use differ by about 50 or you may
           still have port conflicts. A BETTER approach is to use -npb below.
   -npq PORT_OFFSET: Like -np, but more quiet in the face of adversity.
   -npb PORT_OFFSET_BLOC: Simliar to -np, except it is easier to use.
                          PORT_OFFSET_BLOC is an integer between 0 and
                          MAX_BLOC. MAX_BLOC is around 4000 for now, but
                          it might decrease as we use up more ports in AFNI.
                          You should be safe for the next 10 years if you 
                          stay under 2000.
                          Using this function reduces your chances of causing
                          port conflicts.

         See also afni and suma options: -list_ports and -port_number for 
            information about port number assignments.

         You can also provide a port offset with the environment variable
            AFNI_PORT_OFFSET. Using -np overrides AFNI_PORT_OFFSET.

   -max_port_bloc: Print the current value of MAX_BLOC and exit.
                   Remember this value can get smaller with future releases.
                   Stay under 2000.
   -max_port_bloc_quiet: Spit MAX_BLOC value only and exit.
   -num_assigned_ports: Print the number of assigned ports used by AFNI 
                        then quit.
   -num_assigned_ports_quiet: Do it quietly.

     Port Handling Examples:
     -----------------------
         Say you want to run three instances of AFNI <--> SUMA.
         For the first you just do: 
            suma -niml -spec ... -sv ...  &
            afni -niml &
         Then for the second instance pick an offset bloc, say 1 and run
            suma -niml -npb 1 -spec ... -sv ...  &
            afni -niml -npb 1 &
         And for yet another instance:
            suma -niml -npb 2 -spec ... -sv ...  &
            afni -niml -npb 2 &
         etc.

         Since you can launch many instances of communicating programs now,
            you need to know wich SUMA window, say, is talking to which AFNI.
            To sort this out, the titlebars now show the number of the bloc 
            of ports they are using. When the bloc is set either via 
            environment variables AFNI_PORT_OFFSET or AFNI_PORT_BLOC, or  
            with one of the -np* options, window title bars change from 
            [A] to [A#] with # being the resultant bloc number.
         In the examples above, both AFNI and SUMA windows will show [A2]
            when -npb is 2.



   [-novolreg]: Ignore any Rotate, Volreg, Tagalign, 
                or WarpDrive transformations present in 
                the Surface Volume.
   [-noxform]: Same as -novolreg
   [-setenv "'ENVname=ENVvalue'"]: Set environment variable ENVname
                to be ENVvalue. Quotes are necessary.
             Example: suma -setenv "'SUMA_BackgroundColor = 1 0 1'"
                See also options -update_env, -environment, etc
                in the output of 'suma -help'
  Common Debugging Options:
   [-trace]: Turns on In/Out debug and Memory tracing.
             For speeding up the tracing log, I recommend 
             you redirect stdout to a file when using this option.
             For example, if you were running suma you would use:
             suma -spec lh.spec -sv ... > TraceFile
             This option replaces the old -iodbg and -memdbg.
   [-TRACE]: Turns on extreme tracing.
   [-nomall]: Turn off memory tracing.
   [-yesmall]: Turn on memory tracing (default).
  NOTE: For programs that output results to stdout
    (that is to your shell/screen), the debugging info
    might get mixed up with your results.


Global Options (available to all AFNI/SUMA programs)
   -overwrite: Overwrite existing output dataset.
               Equivalent to setting env. AFNI_DECONFLICT=OVERWRITE
   -ok_1D_text: Zero out uncommented text in 1D file.
                Equivalent to setting env. AFNI_1D_ZERO_TEXT=YES
   -Dname=val: Set environment variable 'name' to value 'val'
             For example: -DAFNI_1D_ZERO_TEXT=YES
   -Vname=: Print value of environment variable 'name' to stdout and quit.
            This is more reliable that the shell's env query because it would
            include envs set in .afnirc files and .sumarc files for SUMA
            programs.
             For example: -VAFNI_1D_ZERO_TEXT=
   -all_opts: Try to identify all options for the program from the
              output of its -help option. Some options might be missed
              and others misidentified. Use this output for hints only.
   -h_find WORD: Look for lines in this programs's -help output that match
                 (approximately) WORD.
   -h_view: Open help in text editor. AFNI will try to find a GUI editor
            on your machine. You can control which it should use by
            setting environment variable AFNI_GUI_EDITOR.
   -h_web: Open help in web browser. AFNI will try to find a browser
            on your machine. You can control which it should use by
            setting environment variable AFNI_GUI_EDITOR.
   -skip_afnirc: Do not read the afni resource (like ~/.afnirc) file.
   -pad_to_node NODE: Output a full dset from node 0 to MAX_NODE-1
                   ** Instead of directly setting NODE to an integer you 
                      can set NODE to something like:
                   ld120 (or rd17) which sets NODE to be the maximum 
                      node index on an Icosahedron with -ld 120. See 
                      CreateIcosahedron for details.
                   d:DSET.niml.dset which sets NODE to the maximum node found
                      in dataset DSET.niml.dset.
                   ** This option is for surface-based datasets only.
                      Some programs may not heed it, so check the output if
                      you are not sure.
   -pif SOMETHING: Does absolutely nothing but provide for a convenient
                   way to tag a process and find it in the output of ps -a
   -echo_edu: Echos the entire command line to stdout (without -echo_edu)
              for edification purposes


       Ziad S. Saad SSCC/NIMH/NIH saadz@mail.nih.gov     
This page auto-generated on Mon Jun 3 08:38:27 EDT 2013