AFNI Message Board

History of AFNI updates  

|
June 04, 2021 04:00PM
Hi,

I'm trying to interpret the output of my 3dlme output and hoping someone might be able to lend a hand. I ran two similar versions of the same script, changing only the glt contrast coding.

Here's MODEL 1:
3dLME -prefix corr_group_lme -jobs 18 \
-mask MNI_re+tlrc \
-model 1 \
-ranEff '~1' \
-num_glt 2 \
-gltLabel 1 'UNVAMvsAMB' -gltCode 1 'cond : .5*att +.5*rel -1*amb' \
-gltLabel 2 'ATTvsREL' -gltCode 2 'cond : 1*att -1*rel' \
-resid err_corr_group_lme \
-dataTable \
Subj cond InputFile \
-s4 att fishercorr_att.s104+tlrc'[0]' \
-s5 att fishercorr_att.s105+tlrc'[0]' \
-s6 att fishercorr_att.s106+tlrc'[0]' \
-s8 att fishercorr_att.s108+tlrc'[0]' \
-s10 att fishercorr_att.s110+tlrc'[0]' \
-s11 att fishercorr_att.s111+tlrc'[0]' \
-s13 att fishercorr_att.s113+tlrc'[0]' \
-s16 att fishercorr_att.s116+tlrc'[0]' \
-s17 att fishercorr_att.s117+tlrc'[0]' \
-s18 att fishercorr_att.s118+tlrc'[0]' \
-s19 att fishercorr_att.s119+tlrc'[0]' \
-s20 att fishercorr_att.s120+tlrc'[0]' \
-s21 att fishercorr_att.s121+tlrc'[0]' \
-s22 att fishercorr_att.s122+tlrc'[0]' \
-s24 att fishercorr_att.s124+tlrc'[0]' \
-s25 att fishercorr_att.s125+tlrc'[0]' \
-s26 att fishercorr_att.s126+tlrc'[0]' \
-s27 att fishercorr_att.s127+tlrc'[0]' \
-s30 att fishercorr_att.s130+tlrc'[0]' \
-s31 att fishercorr_att.s131+tlrc'[0]' \
-s32 att fishercorr_att.s132+tlrc'[0]' \
-s33 att fishercorr_att.s133+tlrc'[0]' \
-s34 att fishercorr_att.s134+tlrc'[0]' \
-s4 rel fishercorr_rel.s104+tlrc'[0]' \
-s5 rel fishercorr_rel.s105+tlrc'[0]' \
-s6 rel fishercorr_rel.s106+tlrc'[0]' \
-s8 rel fishercorr_rel.s108+tlrc'[0]' \
-s10 rel fishercorr_rel.s110+tlrc'[0]' \
-s11 rel fishercorr_rel.s111+tlrc'[0]' \
-s13 rel fishercorr_rel.s113+tlrc'[0]' \
-s16 rel fishercorr_rel.s116+tlrc'[0]' \
-s17 rel fishercorr_rel.s117+tlrc'[0]' \
-s18 rel fishercorr_rel.s118+tlrc'[0]' \
-s19 rel fishercorr_rel.s119+tlrc'[0]' \
-s20 rel fishercorr_rel.s120+tlrc'[0]' \
-s21 rel fishercorr_rel.s121+tlrc'[0]' \
-s22 rel fishercorr_rel.s122+tlrc'[0]' \
-s24 rel fishercorr_rel.s124+tlrc'[0]' \
-s25 rel fishercorr_rel.s125+tlrc'[0]' \
-s26 rel fishercorr_rel.s126+tlrc'[0]' \
-s27 rel fishercorr_rel.s127+tlrc'[0]' \
-s30 rel fishercorr_rel.s130+tlrc'[0]' \
-s31 rel fishercorr_rel.s131+tlrc'[0]' \
-s32 rel fishercorr_rel.s132+tlrc'[0]' \
-s33 rel fishercorr_rel.s133+tlrc'[0]' \
-s34 rel fishercorr_rel.s134+tlrc'[0]' \
-s4 amb fishercorr_amb.s104+tlrc'[0]' \
-s5 amb fishercorr_amb.s105+tlrc'[0]' \
-s6 amb fishercorr_amb.s106+tlrc'[0]' \
-s8 amb fishercorr_amb.s108+tlrc'[0]' \
-s10 amb fishercorr_amb.s110+tlrc'[0]' \
-s11 amb fishercorr_amb.s111+tlrc'[0]' \
-s13 amb fishercorr_amb.s113+tlrc'[0]' \
-s16 amb fishercorr_amb.s116+tlrc'[0]' \
-s17 amb fishercorr_amb.s117+tlrc'[0]' \
-s18 amb fishercorr_amb.s118+tlrc'[0]' \
-s19 amb fishercorr_amb.s119+tlrc'[0]' \
-s20 amb fishercorr_amb.s120+tlrc'[0]' \
-s21 amb fishercorr_amb.s121+tlrc'[0]' \
-s22 amb fishercorr_amb.s122+tlrc'[0]' \
-s24 amb fishercorr_amb.s124+tlrc'[0]' \
-s25 amb fishercorr_amb.s125+tlrc'[0]' \
-s26 amb fishercorr_amb.s126+tlrc'[0]' \
-s27 amb fishercorr_amb.s127+tlrc'[0]' \
-s30 amb fishercorr_amb.s130+tlrc'[0]' \
-s31 amb fishercorr_amb.s131+tlrc'[0]' \
-s32 amb fishercorr_amb.s132+tlrc'[0]' \
-s33 amb fishercorr_amb.s133+tlrc'[0]' \
-s34 amb fishercorr_amb.s134+tlrc'[0]' \

MODEL 2 was the same, except it started with:
3dLME -prefix corr_group_lme_rev -jobs 18 \
-mask MNI_re+tlrc \
-model 1 \
-ranEff '~1' \
-num_glt 2 \
-gltLabel 1 'AMBvsUNAMB' -gltCode 1 'cond : 1*amb -.5*att -.5*rel' \
-gltLabel 2 'RELvsATT' -gltCode 2 'cond : 1*rel -1*att' \
-resid err_corr_group_lme_rev \

The directionality of my glt contrasts is opposite for MODEL 1 and MODEL 2. I was anticipating that MODEL 2's output would be exactly opposite of MODEL 1 (e.g., if the coefficient subbrick was .2 for MODEL 1, it would be -.2 for the other). Instead, the values were exactly the same for both models. Is this normal? And, if so, do you have any suggestions for how I might determine the directionality of my clusters?

Thank you!
Heather
Subject Author Posted

3dLME with GLT coding

heatherb June 04, 2021 04:00PM

Re: 3dLME with GLT coding

Gang June 05, 2021 12:54PM



Sorry, only registered users may post in this forum.

Click here to login