#!/bin/tcsh 

setenv AFNI_R_DIR $0:h

echo $0

# note the second to last index
@ penult = $#argv

if ( $#argv == 2 && $0:t == 3dMEMA.R) then
   R --no-restore --save --no-readline < $argv[1] >& $argv[2]
else
   echo "R CMD BATCH --no-restore --save --no-readline --vanilla  $1 --args $argv[1-$penult]"
   R CMD BATCH --no-restore --save --no-readline --vanilla "--args $argv[1-$penult]" $1      
endif

#R CMD BATCH --no-restore  --vanilla  $1