AFNI program: 2dImReg

Output of -help


++ 2dImReg: AFNI version=AFNI_18.3.16 (Dec 11 2018) [64-bit]
This program performs 2d image registration.  Image alignment is      
performed on a slice-by-slice basis for the input 3d+time dataset,    
relative to a user specified base image.                              

 ** Note that the script @2dwarper.Allin can do similar things, **
 ** with nonlinear (polynomial) warping on a slice-wise basis.  **
                                                                      
Usage:                                                                
2dImReg                                                               
-input fname           Filename of input 3d+time dataset to process   
-basefile fname        Filename of 3d+time dataset for base image     
                         (default = current input dataset)            
-base num              Time index for base image  (0 <= num)          
                         (default:  num = 3)                          
-nofine                Deactivate fine fit phase of image registration
                         (default:  fine fit is active)               
-fine blur dxy dphi    Set fine fit parameters                        
   where:                                                             
     blur = FWHM of blurring prior to registration (in pixels)        
               (default:  blur = 1.0)                                 
     dxy  = Convergence tolerance for translations (in pixels)        
               (default:  dxy  = 0.07)                                
     dphi = Convergence tolerance for rotations (in degrees)          
               (default:  dphi = 0.21)                                
                                                                      
-prefix pname     Prefix name for output 3d+time dataset              
                                                                      
-dprefix dname    Write files 'dname'.dx, 'dname'.dy, 'dname'.psi     
                    containing the registration parameters for each   
                    slice in chronological order.                     
                    File formats:                                     
                      'dname'.dx:    time(sec)   dx(pixels)           
                      'dname'.dy:    time(sec)   dy(pixels)           
                      'dname'.psi:   time(sec)   psi(degrees)         
-dmm              Change dx and dy output format from pixels to mm    
                                                                      
-rprefix rname    Write files 'rname'.oldrms and 'rname'.newrms       
                    containing the volume RMS error for the original  
                    and the registered datasets, respectively.        
                    File formats:                                     
                      'rname'.oldrms:   volume(number)   rms_error    
                      'rname'.newrms:   volume(number)   rms_error    
                                                                      
-debug            Lots of additional output to screen                 

This page auto-generated on Tue Dec 11 18:12:43 EST 2018