AFNI program: 3dAutobox

Output of -help


++ 3dAutobox: AFNI version=AFNI_18.3.16 (Dec 11 2018) [64-bit]
Usage: 3dAutobox [options] DATASET
Computes size of a box that fits around the volume.
Also can be used to crop the volume to that box.

OPTIONS:
--------
-prefix PREFIX = Crop the input dataset to the size of the box, and
                 write an output dataset with PREFIX for the name.
               * If -prefix is not used, no new volume is written out,
                 just the (x,y,z) extents of the voxels to be kept.

-input DATASET = An alternate way to specify the input dataset.
                 The default method is to pass DATASET as
                 the last parameter on the command line.

-noclust       = Don't do any clustering to find box. Any non-zero
                 voxel will be preserved in the cropped volume.
                 The default method uses some clustering to find the
                 cropping box, and will clip off small isolated blobs.

-extent: Write to standard out the spatial extent of the box

-extent_ijk    = Write out the 6 auto bbox ijk slice numbers to
                 screen:
                     imin imax jmin jmax kmin kmax
                 Note that resampling would affect the ijk vals (but
                 not necessarily the xyz ones).
                 Also note that this value is calculated before
                 any '-npad ...' option, so it would ignore that.

-extent_ijk_to_file FF = Write out the 6 auto bbox ijk slice numbers to
                 a simple-formatted text file FF (single row file):
                     imin imax jmin jmax kmin kmax
                 (same notes as above apply).

-extent_ijk_midslice = Write out the 3 ijk midslices of the autobox to
                 the screen:
                     imid jmid kmid
                 These are obtained via: (imin + imax)/2, etc.

-extent_xyz_midslice = Write out the 3 xyz midslices of the autobox to
                 the screen:
                     xmid ymid zmid
                 These are obtained via: (xmin + xmax)/2, etc.
                 These follow the same meaning as '-extent'.

-npad NNN      = Number of extra voxels to pad on each side of box,
                 since some troublesome people (that's you, LRF) want
                 this feature for no apparent reason.
               * With this option, it is possible to get a dataset that
                 is actually bigger than the input.
               * You can input a negative value for NNN, which will
                 crop the dataset even more than the automatic method.


++ Compile date = Dec 11 2018 {AFNI_18.3.16:linux_ubuntu_16_64}


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