AFNI program: 3dMatch

Output of -help


++ Loading data.

  3dMatch, written by PA Taylor (Nov., 2012), part of FATCAT (Taylor & Saad,
    2013) in AFNI.


* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *

  Find similar subbricks and rearrange order to ease comparison

  Comparison simply done by comparing (weighted) correlation maps of
  values, which may include thresholding of either refset or inset
  values. The weighting is done by squaring each voxel value (whilst
  maintaining its original sign). The Dice coefficient is also calculated
  to quantify overlap of regions.

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *

  + COMMANDS: 
    3dMatch -inset FILE1 -refset FILE2 {-mask FILE3} {-in_min THR1} \ 
           {-in_max THR2} {-ref_min THR3} {-ref_max THR4} -prefix FILE4 \
           {-only_dice_thr} 
    where:
     -inset  FILE1  :file with M subbricks of data to match against another
                     file.
     -refset FILE2  :file with N subbricks, serving as a reference for
                     FILE1.  N=M is *not* a requirement; matching is done
                     based on squares of values (with signs preserved), and
                     both best fit of in->ref and ref->in are calculated 
                     and output.
     -mask   FILE3  :a mask of regions to include in the correlation of 
                     data sets; technically not necessary as relative 
                     correlation values shouldn't change, but the magnitudes
                     would scale up without it. Dice coeff values should not
                     be affected by absence or presence of wholebrain mask.
     -in_min  THR1  :during the correlation/matching analysis, values below
                     THR1 in the `-inset' will be zeroed (and during Dice
                     coefficient calculation, excluded from comparison).
                     (See `-only_dice_thr' option, below.)
     -in_max  THR2  :during the correlation/matching analysis, values above
                     THR2 in the `-inset' will be zeroed (and during Dice
                     coefficient calculation, excluded from comparison).
     -ref_min  THR3 :during the correlation/matching analysis, values below
                     THR3 in the `-refset' will be zeroed (and during Dice
                     coefficient calculation, excluded from comparison).
                     (See `-only_dice_thr' option, below.)
     -ref_max  THR4 :during the correlation/matching analysis, values above
                     THR4 in the `-refset' will be zeroed (and during Dice
                     coefficient calculation, excluded from comparison).
     -prefix FILE4  :prefix out output name for both *BRIK/HEAD files, as
                     well as for the *_coeff.vals text files (see below).
     -only_dice_thr :if option is included in command line, the thresholding
                     above is only applied during Dice evaluation, not 
                     during spatial correlation.

  + OUTPUTS, named using prefix; 
     *_REF+orig     :AFNI BRIK/HEAD file with the same number of subbricks
                     as the `-refset' file, each one corresponding to a
                     subbrick of the `-inset' file with highest weighted
                     correlation. Any unmatched `-inset' subbricks are NOT
                     appended at the end. (For example, you could underlay
                     the -ref_set FILE2 and visually inspect the comparisons
                     per slice.)
     *_REF_coeff.vals :simple text file with four columns, recording the
                     original brick number slices which have been
                     reordered in the output *_REF+orig file. Cols. 1&2-
                     orig `-refset' and `-inset' indices, respectively;
                     Col. 3- weighted correlation coefficient; Col 4.-
                     simple Dice coefficient.
     *_IN+orig      :AFNI BRIK/HEAD file with the same number of subbricks
                     as the `-inset' file, each one corresponding to
                     a subbrick of the `-refset' file with highest weighted
                     correlation. Any unmatched `-refset' subbricks are NOT
                     appended at the end. (For example, you could underlay
                     the -inset FILE1 and visually inspect the comparisons
                     per slice.)
     *_IN_coeff.vals :simple text file with four columns, recording the
                     original brick number slices which have been
                     reordered in the output *_IN+orig file. Cols. 1&2-
                     orig `-inset' and `-refset' indices, respectively;
                     Col. 3- weighted correlation coefficient; Col 4.-
                     simple Dice coefficient.

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *

  + EXAMPLE:
      3dMatch                           \
         -inset CORREL_DATA+orig        \
         -refset STANDARD_RSNs+orig     \
         -mask mask+orig                \
         -in_min 0.4                    \
         -ref_min 2.3                   \
         -prefix MATCHED                \
         -only_dice_thr

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *

  If you use this program, please reference the introductory/description
  paper for the FATCAT toolbox:
        Taylor PA, Saad ZS (2013).  FATCAT: (An Efficient) Functional
        And Tractographic Connectivity Analysis Toolbox. Brain 
        Connectivity 3(5):523-535.
____________________________________________________________________________

This page auto-generated on Mon Oct 19 20:23:21 EDT 2020