AFNI program: 3dSliceNDice

Output of -help


 OVERVIEW ~1~
 
 This program is for calculating the Dice coefficient between two
 volumes on a slice-by-slice basis.  The user enters two volumes on the
 same grid, and Dice coefficients along each axis are calculated; three
 separate text (*.1D) files are output.
 
 The Dice coefficient (Dice, 1945) is known by many names and in many
 applications.  In the present context it is defined as follows.
 Consider two sets voxels (i.e., masks), A and B.  The Dice coefficient
 D is the ratio of their intersection to their union. Let N(x) be a
 function that calculates the number of voxels in a set x. Then:
 
     D = 2*N(intersection of A and B)/(N(A) + N(B)).
 
 The range of D is 0 (no overlap of A and B at all) to 1 (perfect
 overlap of A and B), inclusively.
 
 This program calculates D in a slicewise manner across all 3 major
 axes of a dset; other programs of interest for a volumewise Dice
 coefficient or more general overlap calculations include 3dABoverlap,
 for example.
 
 Nonzero values in a dset are considered part of the mask.  3dcalc
 might be useful in creating a mask from a dset if things like
 thresholding are required.
 
 written by PA Taylor (NIMH, NIH).
 
   
 USAGE ~1~
 
     Input: 
       + two single-volume datasets
 
     Output:
 
       + three text files, each a *.1D file of columns of numbers (and
         note that the executed 3dSliceNDice command is echoed into a
         comment in the top line of each 1D file by output). File name
         indicates along which axis the particular results were
         calculated, such as ending in '0_RL.1D', '1_AP.1D', '2_IS.1D',
         etc.
 
         For each file, there are currently 5 columns of data output,
         in the following order:
         [index] the i, j, or k index of the slice (starting from 0).
         [coord] the x, y, or z coordinate of the slice.
         [size of A ROI] the number of voxels in set A's ROI in the slice.
         [size of B ROI] the number of voxels in set B's ROI in the slice.
         [Dice coef] the Dice coefficient of that slice.
 
         1dplot can be useful for viewing output results quickly.
 
 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
 
 COMMAND ~1~
 
     3dSliceNDice                                  \
         -insetA    AA                             \
         -insetB    BB                             \
         -prefix    PP                             \
         {-out_range all|AorB|AandB}
 
     where
 
   -insetA    AA   :name of an input set to make a mask from; mask will
                    be made from nonzero values in AA;
   -insetB    BB   :name of an input set to make a mask from; mask will
                    be made from nonzero values in BB;
 
   -prefix    PP   :prefix of output files.
                    Three output text files will be named
                    according to the orientation of the input AA
                    and BB files.  So, outputs might look like:
                      PP_0_RL.1D or PP_0_RL.1D,
                      PP_1_AP.1D or PP_0_PA.1D,
                      PP_2_IS.1D or PP_0_SI.1D.
 
   -out_domain all|AorB|AandB
                   :optional specification of the slices over which to
                    output Dice coefficient results along each axis,
                    via keyword.  Argument options at present:
                    'all':   report Dice values for all slices (default);
                    'AorB':  report values only in slices where sets A or
                             B (or both) have at least one nonzero voxel;
                    'AandB': report values only in slices where both sets
                             A and B have at least one nonzero voxel;
                    'Amask': report values only in slices where set A 
                             has at least one nonzero voxel;
                    'Bmask': report values only in slices where set B 
                             has at least one nonzero voxel;
 
   -no_cmd_echo    :turn OFF recording the command line call to
                    3dSliceNDice in the output *.1D files (default is
                    to do the recording).
 
 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
 
 EXAMPLES ~1~
 
   1. Report slicewise overlap of two masks through full FOV along each 
      axis.
        3dSliceNDice                  \
            -insetA mask_1.nii.gz     \
            -insetB mask_2.nii.gz     \
            -prefix mask_olap_all
 
   2. Report slicewise overlap of two masks only for slices where both 
      dsets have >0 voxels in their masks
        3dSliceNDice                  \
            -insetA mask_1.nii.gz     \
            -insetB mask_2.nii.gz     \
            -out_domain AandB         \
            -prefix mask_olap_AandB
 
   To view the SliceNDice results: NB, you can use 1dplot for viewing
   either of the about output results, choosing slice number or DICOM
   coordinate value for the abscissa (x-axis) value.
 
   # use integer index values along x-axis of the plot, for one
   # encoding direction of the volume:
   1dplot -x mask_olap_all_1_PA.1D'[0]' mask_olap_all_1_PA.1D'[4]'
 
   # use DICOM coordinate values along x-axis of the plot: 
   1dplot -x mask_olap_all_1_PA.1D'[1]' mask_olap_all_1_PA.1D'[4]'
 
 # ----------------------------------------------------------------------

This page auto-generated on Mon Oct 19 20:23:52 EDT 2020