AFNI program: 3dStatClust

Output of -help


++ 3dStatClust: AFNI version=AFNI_18.3.16 (Dec 11 2018) [64-bit]
++ Authored by: B. Douglas Ward
Perform agglomerative hierarchical clustering for user specified 
parameter sub-bricks, for all voxels whose threshold statistic   
is above a user specified value.

Usage: 3dStatClust options datasets 
where the options are:
-prefix pname    = Use 'pname' for the output dataset prefix name.
  OR                 [default='SC']
-output pname

-session dir     = Use 'dir' for the output dataset session directory.
                     [default='./'=current working directory]
-verb            = Print out verbose output as the program proceeds.

Options for calculating distance between parameter vectors: 
   -dist_euc        = Calculate Euclidean distance between parameters 
   -dist_ind        = Statistical distance for independent parameters 
   -dist_cor        = Statistical distance for correlated parameters 
The default option is:  Euclidean distance. 

-thresh t tname  = Use threshold statistic from file tname. 
                   Only voxels whose threshold statistic is greater 
                   than t in abolute value will be considered. 
                     [If file tname contains more than 1 sub-brick, 
                     the threshold stat. sub-brick must be specified!]
-nclust n        = This specifies the maximum number of clusters for 
                   output (= number of sub-bricks in output dataset).

Command line arguments after the above are taken as parameter datasets.


INPUT DATASET NAMES
-------------------
This program accepts datasets that are modified on input according to the
following schemes:
  'r1+orig[3..5]'                                    {sub-brick selector}
  'r1+orig<100..200>'                                {sub-range selector}
  'r1+orig[3..5]<100..200>'                          {both selectors}
  '3dcalc( -a r1+orig -b r2+orig -expr 0.5*(a+b) )'  {calculation}
For the gruesome details, see the output of 'afni -help'.

++ Compile date = Dec 11 2018 {AFNI_18.3.16:linux_ubuntu_16_64}


This page auto-generated on Tue Dec 11 18:13:26 EST 2018