AFNI program: @Install_NMT

Output of -help



   Installs the NIMH Macaque Template (NMT) with the accompanying
   Cortical Hierarchy Atlas of the Rhesus Macaque (CHARM).

   Note there are multiple versions and variants of the template to
   choose from (see the "-ver .." and "-sym .." options, below), with
   the default being the symmetric NMT v2.

   The NMT v2 and the CHARM are described in:

      Jung B, Taylor PA, Seidlitz PA, Sponheim C, Glen DR, Messinger A
      (2020).  "A Comprehensive Macaque FMRI Pipeline and Hierarchical
      Atlas."  NeuroImage, submitted.

   while the previous template versions (the NMT v1.2 and NMT v1.3) are
   described in:

      Seidlitz J, Sponheim C, Glen DR, Ye FQ, Saleem KS, Leopold DA,
      Ungerleider L, Messinger A (2018). "A Population MRI Brain
      Template and Analysis Tools for the Macaque." NeuroImage 170:
      121–31.  https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2017.04.063.

   ** Please cite Jung et al. (2020) and/or Seidlitz et al. (2018) if you
   make use of the respective templates in your work. **

   After the archive is downloaded and unpacked (as the directory
   "NMT_*", depending on your selected version+variant), see its
   README.txt for details.

   --------------------------------------------------------------------------

   Options:

   -install_dir DD  :the install location for the NMT
                     (default = the PWD)

   -nmt_ver VV      :the version of the NMT you wish to install
                     (default = 2.0; valid = 1.2, 1.3, 2.0)

   -sym SS          :the NMT v2 has both a symmetric and asymmetric variant.
                     Specify the desired variant SS as either "sym" or "asym".
                     Option is valid for the NMT v2 only--in other cases it is
                     ignored. (default = "sym") 

   -set_env         :allows the script to modify the ~/.afnirc file to increase
                     NMT compatibility with AFNI (recommended if you do only
                     macaque work, but not default; please inquire on the 
                     AFNI Message Board if you have any questions about this)

   -overwrite       :allows the script to remove a pre-existing NMT directory

   -wget            :use wget to download archive. Script chooses by default
                     with preference for curl

   -curl            :use curl to download archive. Script chooses by default
                     with preference for curl

   -help            :repeats this message

   --------------------------------------------------------------------------

   Please contact Dr. Adam Messinger (messinga@nih.gov) or Ben Jung
   (benjamin.jung@nih.gov) with any questions or concerns regarding the
   NMT.



This page auto-generated on Mon Oct 19 20:25:06 EDT 2020