AFNI program: @update.afni.binaries

Output of -help


------------------------------------------------------------
@update.afni.binaries   - upgrade AFNI binaries

Update the AFNI binaries, either via '-defaults' or by the
'-bindir' and/or '-package' options.

examples:

    individual user: initial install or udpate

       The default package is linux_openmp_64 (Linux) or macos_10.12_local
       (OS X).  The default binary directory is ~/abin.

       @update.afni.binaries -defaults -do_extras


    root user: initial install or udpate

       @update.afni.binaries -package linux_openmp_64 -bindir /usr/local/AFNIbin
       @update.afni.binaries -local_package linux_openmp_64.tgz -bindir /usr/local/AFNIbin


    other examples:

       @update.afni.binaries -defaults
       @update.afni.binaries -defaults -package macos_10.12_local
       @update.afni.binaries -package linux_openmp_64
       @update.afni.binaries -package linux_openmp_64 -bindir ~/abin
       @update.afni.binaries -package linux_openmp_64 -programs suma 3dRSFC
       @update.afni.binaries -package linux_openmp_64 -programs file_tool python_scripts/*.py

       @update.afni.binaries -local_package macos_10.12_local.tgz

options:

    -help                 : show this help
    -help_sys_progs       : list system programs that block update

       See -sys_ok for details.

    -apsearch yes/no      : specify getting apsearch updates
    -bindir ABIN          : set AFNI binary directory to ABIN
    -curl                 : default to curl instead of wget

    -defaults             : install current package into abin
    -d                    : (short for -defaults)

        This would be the method to 'update the package that I
        am currently using'.

        This option implies -do_dotfiles and -apsearch yes.

        The package would be decided by 'afni -ver' and the
        directory would come from 'which afni'.  If either of
        these is not appropriate, the package would be determined
        by the OS (Linux or OSX allowed, 32 or 64-bits), and the
        install dir would be ~/abin.

        If -bindir or -package cannot be determined, it must be
        supplied by the user.

        26 Sep 2012 : -update_apsearch is applied by default
                      (if installed afni is in PATH)

    -do_dotfiles          : if needed, try to initialize dot files

        If .cshrc (or maybe .tcshrc) or .bashrc do not have the
        AFNI binary directory in the file (grep), add a line to
        update the PATH in each file.

        Both files are updated (if need be).

      * This option has no effect for the root user.

    -do_extras            : do extra niceties (beyond simple install)

        This is a convenience option that implies:

           -apsearch yes
           -do_dotfiles

    -no_cert_verify       : do not verify the server CA certificate

        This option is regarding SSL/TLS Certificate Verification
        via some CA (certificate authority) list.  It may be needed
        if the client CA list does not recognize the certificate
        provided by the afni server.

        For curl, this appends the '--insecure' option.
        For wget, this appends the '--no-check-certificate' option.

        To check whether curl requires this, look for WinSSL in the
        output from: curl -V

        See https://curl.haxx.se/docs/sslcerts.html for details.

    -no_recur             : do not download and run new @uab script

    -local_package PACKAGE : install local PACKAGE.tgz package

        This is a way to install an existing tgz file without needed
        to download it.

    -prog_list PROGRAMS   : install given programs, not whole PACKAGE

        With this option, the listed programs would be installed,
        rather than the entire PACKAGE.

        Note: directories are not allowed (e.g. meica.libs)

    -package PACKAGE      : install distribution package PACKAGE
                            (see also -local_package)

    -prog_list PROGRAMS   : install given programs, not whole PACKAGE

        With this option, the listed programs would be installed,
        rather than the entire PACKAGE.

        Note: directories are not allowed (e.g. meica.libs)

        For example, consider:

          -prog_list suma python_scripts/*.py

        In this case, suma and the individual python files would all
        end up in abin, with no directories.

    -proto PROTOCOL       : access afni host via this PROTOCOL

        e.g. -proto http
        default: https

        Use this option to specify the download protocol.  PROTOCOL may
        https, http or NONE (meaning not to prefix site name with any).

    -quick                : quick mode, no fancies

        This option blocks unwanted or unneeded actions, mostly for
        testing.  It basically applies:

           -no_recur
           -apsearch no

    -sys_ok               : OK to update, even if system progs found

        If any system program (e.g. man, sudo, xterm, yum) is found,
        the default behavior is not to continue the update.  Note
        that if 'afni -ver' shows a Debian package, then updates
        should be done via apt-get, not this program.

        Use -sys_ok to all the update to proceed.

        See -help_sys_progs for a list of checked system programs.

    -test                 : just attempt the download and quit

    -test_protos          : test download protocols and exit

    -revert               : revert binaries to previous version

        Revert the AFNI binaries to those in directory
        ABIN/auto_backup.PACKAGE, where ABIN would otherwise be
        considered the installation directory.

        Use this option if the last update of the binaries got
        you a lump of coal.

        There should be only 1 backup to revert to.  One cannot
        revert back 2 levels, say.

Note that the user must have write permissions in the ABIN
directory.


This page auto-generated on Tue Dec 11 18:13:55 EST 2018