AFNI program: asymm_report.csh

Output of -help


Overview ~1~

This is a script to compute volumes, surface areas, patch
surface areas and asymmetry ratios between
left and right regions from labeled datasets. These can be in a 
native subject space or in a standard template space, as for an atlas.

Usage Example ~1~

   asymm_report.csh                                 \
      -input HCA_lr_v0.9.nii.gz                     \
      -right_range 1 21                             \
      -left_range 31 51                             \
      -isosurf_dir ~/HCA_subjects/sub-101/surfs     \
      -isosurf_base HCA                             \
      -reportfile HCA_asymm_report.txt

   Note only the input dset and the left and right ranges are *required*.


Options ~1~

  -input input_dset    :required input dataset for relative region sizes

  Provide index values either by range or by list files:
  -right_range min max :minimum and maximum index values for right regions
  -left_range  min max :minimum and maximum index values for left regions

  with list files (columns or rows of numbers)
  -right_list rightlist.1D : list of index values for right regions
  -left_list  leftlist.1D : list of index values for left regions

  -isosurf_dir dir      :directory with gifti surface files for regions 
                         (default current directory)
  -isosurf_base prefix  :beginning part of gifti file names shared across 
                         regions   
  -make_isosurfs        :make isosurfaces from all regions in input volume
                         uses isosurf_dir for directory and isosurf_base for
                         prefix for output, e.g. isosurf_base.gii
  -surf_patch           :compute areas of patches on surfaces
  -surf_patch_surface surfdset :use one isosurface from labeled volume 
                         for patches (different than isosurfaces for 
                         individual regions)
  -make_patch_surface   :generate new surface for patch area computations
  -reportfile textout   :specify filename for text output (default is stdout)
  -use_left_labels      :default is to use labels from right index regions in
                         output report. This option switches to use left labels
  -surf_patch_prefix ppp:prefix for output labelled patch dset prefix.niml.dset
  -surf_patch_smooth nn :neighborhood size for modal smoothing on surface 
                         (2mm default). Check surface with smoothed data for
                         reasonableness
  -method LI            :use method for comparison
                         LI (laterality index) = (L-R)/(L+R)
                         (negative values have right symmetry, 
                          positive values have left symmetry
                          zero values are symmetric)
                         or 
                         RL (right to left ratio) = R/L (Default)
This page auto-generated on Tue Aug 4 11:24:06 PM EDT 2026