AFNI program: auto_warp.py

Output of -help

#++ auto_warp.py version: 0.06

    ===========================================================================
    auto_warp.py     - Nonlinear registration 
    
    Basic Usage:
      auto_warp.py -base TT_N27+tlrc -input anat.nii  \
                   -skull_strip_input yes

    ---------------------------------------------
    REQUIRED OPTIONS:
    
    -base   : name of reference or template volume
    -input  : name of dataset to be registered
    
    MAJOR OPTIONS:

    -help       : this help message

    OTHER OPTIONS:

    -qblur bB bS : specify 3dQwarp blurs for base and source volumes
    -qworkhard i0 i1: set the two values for 3dQwarp's -workhard option
    -qw_opts 'OPTS': Pass all of OPTS as extra options directly to 3dQwarp 

A full list of options for auto_warp.py:

   -base               
      use:                Template volume.
   -input              
      use:                dataset to be aligned to the template
   -keep_rm_files      
      use:                Don't delete any of the temporary files created here
   -prep_only          
      use:                Do preprocessing steps only without alignment
   -help               
      use:                The main help describing this program with options
   -hview              
      use:                Like '-help', but opening in a text editor
   -limited_help       
      use:                The main help without all available options
   -option_help        
      use:                Help for all available options
   -version            
      use:                Show version number and exit
   -ver                
      use:                Show version number and exit
   -verb               
      use:                Be verbose in messages and options
   -save_script        
      use:                save executed script in given file
   -skip_affine        
      use:                Skip the affine registration process
                          Equivalent to -affine_input_xmat ID 
                          (apply identity transformation)
                          
      allowed:            yes, no
      default:            no
   -skull_strip_base   
      use:                Do not skullstrip base/template dataset
      allowed:            yes, no
      default:            no
   -skull_strip_input  
      use:                Do not skullstrip input dataset
      allowed:            yes, no
      default:            no
   -ex_mode            
      use:                Command execution mode.
                          quiet: execute commands quietly
                          echo: echo commands executed
                          dry_run: only echo commands
                          
      allowed:            quiet, echo, dry_run, script
      default:            script
   -overwrite          
      use:                Overwrite existing files
   -suffix             
      default:            _al
   -child_anat         
      use:                Names of child anatomical datasets
   -qblur              
      use:                3dQwarp base and source blurs (FWHM)
                          
   -qw_opts            
      use:                3dQwarp miscellaneous options.
                          Parameters will get passed directly to 3dQwarp.
                          
   -qworkhard          
      use:                3dQwarp -workhard values
                          
      default:            [0, 1]
   -warp_dxyz          
      use:                Resolution used for computing warp (cubic only)
                          
      default:            [0.0]
   -affine_dxyz        
      use:                Resolution used for computing initial transform (cubic only)
                          
      default:            [0.0]
   -affine_input_xmat  
      use:                Affine transform to put input in standard space.
                          Special values are:
                              'AUTO' to use @auto_tlrc
                              'ID' to do nothing
                              'FILE.1D' for a pre-computed matrix FILE.1D will
                                        get applied to the input before Qwarping
                          
      default:            AUTO
   -smooth_anat        
      use:                Smooth anatomy before registration
                          
   -smooth_base        
      use:                Smooth template before registration
                          
   -unifize_input      
      use:                To unifize or not unifize the input
                          
      allowed:            yes, no
      default:            y e s
   -output_dir         
      use:                Set directory for output datasets
                          
      default:            awpy
   -followers          
      use:                Specify follower datasets
                          
   -affine_followers_xmat
      use:                Specify follower datasets' affine transforms
                          
   -skullstrip_opts    
      use:                3dSkullstrip miscellaneous options.
                          Parameters will get passed directly to 3dSkullstrip.
                          
   -at_opts            
      use:                @auto_tlrc miscellaneous options.
                          Parameters will get passed directly to @auto_tlrc.
                          
This page auto-generated on Thu Oct 31 09:43:18 PM EDT 2024