AFNI program: convert_cdiflist_to_grads.py

Output of -help



  PURPOSE ~1~

  This program reads in a GE cdiflist and outputs gradient file + file
  of bvalues, which can be used in subsequent processing.

  Ver  : 0.3
  Date : June 22, 2020
  Auth : PA Taylor

------------------------------------------------------------------------------

INPUTS ~1~

  + cdiflist (from GE DWI scanning)
  + max bvalue used (in using s/mm^2), e.g., 1000 or 1100. 

------------------------------------------------------------------------------

OUTPUTS ~1~

  + row gradient file (unscaled, unit-magnitude)
  + col gradient file (scaled by b-magn)
  + row bval file     (bvalues)

------------------------------------------------------------------------------

RUNNING ~1~

 -cdiflist CDIFLIST
                :(req) name(s) of cdiflist text file, which can be
                 output by GE scanners when acquiring DWIs and has the
                 following format:
                 + first line is 1 number, which is the number of grads N
                   used in the aquisition
                 + N rows of 3 values each, which relate to the gradient
                   direction+strength (but they are *not* directly the 
                   grads themselves)

 -bval_max BBB  :(req) max bvalue used, which provides a reference value
                 for scaling everything else

 -prefix PP     :(req) output basename for the subsequent grad and bvalue
                 files.
                 Note that this can include path information, but both 
                 a suffix and a file extensions will be added for the
                 main outputs: 
                    _rvec.dat  (row-format of gradients, unit magn)
                    _bval.dat  (row-format of bvals)
                    _cvec.dat  (col-format of grads, scaled by b-values)

 -ver           :display current version
                 (0.3)

 -date          :display release/editing date of current version
                 (June 22, 2020)

 -help          :display help (in terminal)
 -h             :display help (in terminal)

 -hview         :display help (in separate text editor)

------------------------------------------------------------------------------

NOTES ~1~

At this point in time, this program should only be used if the DWI
acquisition used *axial slices*.  This tends to be (by far) the most
common way to acquire the data, so this probably isn't a very
prohibitive restriction.  However, more option(s) would need to be
added for dealing with other slice acquisitions (based on how GE
stores the data).

Also, if you have any questions/uncertainty about the gradient info,
just ask.  And if you *really* want a correct answer, of course you
should ask Joelle, the real expert!

------------------------------------------------------------------------------

EXAMPLES ~1~

convert_cdiflist_to_grads.py             \
    -cdiflist  cdiflist45                \
    -bval_max  1100                      \
    -prefix    grads_ge_45




This page auto-generated on Mon Oct 19 20:24:21 EDT 2020