AFNI program: fat_mvm_gridconv.py

Output of -help




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     ++ Jan, 2015.
     ++ Preprocess some 'old school' (=poorly formatted) *.grid files
           so that they can be fat_mvm_prep'ed for statistical modeling
           using 3dMVM.
     ++ written by PA Taylor.
     
     This program is designed to convert old 3dTrackID output *.grid files
     (which have no labels in '#'-started comments) into modern format.
     This program reads in individual or a set of old *.grid files, and
     outputs new ones in the same folder with '_MOD.grid' postfix (or
     an explicit output prefix can be entered using '--list_match').
     
     This program now also applies to updating *.netcc files that have 
     Pearson correlation ('CC') and Fisher Z-transform matrices ('FZ') but
     no labels in '#'-started comments in the modern format.  The same 
     output naming conventions/options as above apply.

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     TO USE (from a terminal commandline):

      $ fat_mvm_gridconv.py { -m MATR_FILES | -l LIST }
     where:
        -m, --matr_in=MATR_FILES :one way of providing the set of matrix
                                  (*.grid) files- by searchable path.
                                  This can be a globbable entry in quotes
                                  containing wildcard characters, such as
                                  'DIR1/*/*000.grid'.
        -l, --list_match=LIST    :another way of inputting the matrix
                                  (*.grid) files-- by explicit
                                  path in a text file.
                                  The LIST text file must contain at least
                                  one column:
                                  col 1: path to subject matrix file.
                                  with an optional second column:
                                  col 2: output file names.
                                  (NB: columns must be the same length.)
                                  The first line can be '#'-commented,
                                  which is not read for filenames).
                                  If no second column is given, then the
                                  default '_MOD.grid' postfix is applied.
     
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     Example:
       $ fat_mvm_gridconv.py --matr_in='./GROUP/*/*_000.grid' 
     or, equivalently:
       $ fat_mvm_gridconv.py -m './GROUP/*/*_000.grid' 

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