AFNI program: fat_proc_convert_dcm_dwis

Output of -help

-------------------------------------------------------------------------

  OVERVIEW ~1~

    The purpose of this function is to help convert one or more sets
    of DWIs in DICOM format into 'nicer' volume+grad format. If
    multiple directories of DICOMS exist for a given AP or PA set,
    then those can be combined into a single volume+grad file with a
    single call of this function. Data sets are also converted to have
    a single orientation. For data acquired with dual phase encoding
    (such as AP/PA, or what is often known as 'blip up'/'blip down'),
    separate calls of this function need to be made for each encode
    set; however, one can pass origin information to have the same
    origin across all volumes during recentering.

    This program can be used to: convert dicoms to NIFTI (with bvals
    and bvecs); reorient volumetric data; and glue together multiple
    sessions/directories of data (may the user choose what is
    appropriate to combine!).  More functionality could be demanded by
    demanding users.

    REQUIRES: AFNI (which should now contain dcm2niix_afni, the
    version of dcm2niix [by C. Rorden] distributed in AFNI).

    Ver. 3.4 (PA Taylor, Aug 15, 2018)

-------------------------------------------------------------------------

  RUNNING ~1~

    fat_proc_convert_dcm_dwis  \
      -indir   DIR                             \
      {-innii NNN -inbvec CCC -inbval LLL}     \
      -prefix PPP                              \
      {-workdir   WWW}                         \
      {-orient    ORIENT}                      \
      {-origin_xyz X0 Y0 Z0}                   \
      {-flip_x | -flip_y | -flip_z | -no_flip} \
      {-reorig_reorient_off}                   \
      {-no_clean}                              \
      {-qc_prefix    QCPREF}                   \
      {-no_cmd_out}                            \
      {-no_qc_view}                            \
      {-do_movie AGIF|MPEG}

  where:
    -indir  DIR     :directory name(s) of (only) DICOM files of the
                     DWI data,designated as having 'AP' phase
                     encoding.  DIR can actually contain a wildcard
                     expression for several directories, if, for
                     example, multiple DWI sets should be glued
                     together into one set.  NOTE: if specifying more
                     than one directory, put double quotes around your
                     entry, like: "file*".
       *or* the user can input one or more sets of nifti+bvec+bval files;
            the program will concatenate each set of files in the order
            input using the following argument flags, so the user
            must be careful that the ordering is correct!  These files
            go through the same post-dicom-conversion processing (setting
            the orientation, origin, flipping, etc.) as those of
            the "-indir .." files -->           
    -innii NNN      :one or more nifti files of DWIs; the '-inbvec .."
                     and "-inbal .." arguments, below, must also be used
                     to input the corresponding text files for each
                     NIFTI NNN.
    -inbvec CCC     :one or more row-wise, gradient (unit-magnitude)
                     files, such as would be produced by
                     dcm2niix(_afni).  If there are "N" NIFTI files
                     input, there must be "N" CCC files in the same order.
    -inbval LLL     :one or more bvalue files, such as would be
                     produced by dcm2niix(_afni).  If there are "N"
                     NIFTI files input, there must be "N" LLL files in
                     the same order.

    -prefix   PPP   :set prefix (and path) for output data; will be prefix
                     for the *.nii.gz, *.bvec and *.bval files. Required.

    -orient  ORIENT :optional chance to reset orientation of the volume
                     files (default is currently 'RAI').

    -origin_xyz X0 Y0 Z0
                    :by default, dset will be given an origin value
                     such that the center of mass of the dset is located
                     at (x, y, z) = (0, 0, 0), for niceness's sake.  
                     However, an explicit origin can also be given with 
                     this option (NB: this depends on the orientation of
                     the data, which can various be: explicitly chosen or 
                     set to a default value, or not changed at all).  
                     Three numbers are required to be input (i.e., the 
                     xyz origin values), and this might be useful if, for 
                     example, you've already processed one set of a dual-
                     phase encoded acquisition, so that you can get the 
                     origin from the first and ensure that the second
                     has the same values afterwards, making it easier
                     to overlay the data, should you wish.
  -reorig_reorient_off
                    :switch to turn of the nicety of putting (0, 0, 0)
                     at brain's center of mass (-> 'reorigin' calc) and to
                     not reorient data (-> 'reorient' calc).  Could lead
                     to weirdness later on down the road, depending on the
                     data and headers (ergo, not recommended.)

    -flip_x  |
    -flip_y  |
    -flip_z  |
    -no_flip        :use any one of these for the ability to flip grads 
                     while processing with 1dDW_Grad_o_Mat++. (Default is 
                     to not flip; it is not necessary to provide that 
                     "-no_flip" option for no flipping to occur.)

   -no_clean        :switch to not remove working directory of intermediate,
                     temporary files (default is to delete it).

  -qc_prefix QCPREF :can set the prefix of the QC image files separately
                     (default is '').
   -no_qc_view      :can turn off generating QC image files (why?)
   -no_cmd_out      :don't save the command line call of this program
                     and the location where it was run (otherwise, it is
                     saved by default in the ODIR/).

    -do_movie AGIF | MPEG
                    :one can use this option with either of the given
                     arguments to output a movie of the newly created
                     dset.  Only those arguments can be used at
                     present.

-------------------------------------------------------------------------

  OUTPUTS ~1~

    For a given phase encoding set, the output files are:

        PREFIX.nii.gz     # a NIFTI file with N volumes;
        PREFIX.rvec       # a row-wise (3xN) bvec file of 
                            the (unit-magnitude) gradient orientations;
        PREFIX.bval       # a row-wise (1xN) bval file of the
                            gradient magnitudes;
        PREFIX_matA.dat   # a column-wise (Nx6) AFNI-style matrix file of
                            the (scaled) b-matrix values;
        PREFIX_matT.dat   # a column-wise (Nx6) TORTOISE-style matrix file 
                            of the (scaled) b-matrix values;
        PREFIX_cvec.dat   # a column-wise (Nx3) bvec file of 
                            the (b-magn scaled) gradient orientations;

    with the first three meant to mimic the trio of files output by
    dcm2niix_afni, and the rest there for convenience.  

-------------------------------------------------------------------------

  EXAMPLES ~1~

    fat_proc_convert_dcm_dwis  \
        -indir  "DWI_DICOMS"                 \
        -prefix  DWI_UNFILT/dwi
        
    fat_proc_convert_dcm_dwis  \
        -indir    dwi_ap                 \
        -prefix   DWI_UNFILT/dwi
        -do_movie AGIF

    fat_proc_convert_dcm_dwis  \
        -innii    study/subj-001/acq_piece_0*.nii.gz     \
        -inbvec   study/subj-001/acq_piece_0*.bvec       \
        -inbval   study/subj-001/acq_piece_0*.bval       \
        -prefix   study/subj-001/dwi_all
        -do_movie AGIF

-------------------------------------------------------------------------
This page auto-generated on Tue Apr 9 00:03:52 EDT 2024