AFNI program: parse_fs_lt_log.py

Output of -help


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parse_fs_lt_log.py      - parse FreeSurfer labeltable log file

   Get labeltable indices from a rank log file, such as:

        aparc+aseg_rank.niml.lt.log

   usage: parse_fs_lt_log.py -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log  \
                             -labels CC_Posterior CC_Mid_Posterior


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examples:

   Example 0: common usage - simply get original indices for aparc+aseg.nii

      parse_fs_lt_log.py -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log \
                         -labels FS_white_matter -verb 0 -show_orig

   Example 1: get known FreeSurfer labels

      parse_fs_lt_log.py -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log  \
                         -labels FS_white_matter

      parse_fs_lt_log.py -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log  \
                         -labels FS_ventricles

   Example 2: get a specific list of list labels

      parse_fs_lt_log.py -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log  \
                         -labels CC_Posterior CC_Mid_Posterior

   Example 3: get known plus extra labels

      parse_fs_lt_log.py -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log             \
                         -labels FS_white_matter Left-Cerebellum-Exterior \
                         -show_all_orig


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terminal options:

   -help                : show this help
   -hist                : show the revision history
   -ver                 : show the version number

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process options:

   -labels              : specify a list of labels to search for

     e.g. -labels Left-Cerebral-White-Matter  Left-Cerebellum-White-Matter  \
                  Right-Cerebral-White-Matter Right-Cerebellum-White-Matter \
                  CC_Posterior CC_Mid_Posterior CC_Central CC_Mid_Anterior  \
                  CC_Anterior Brain-Stem

     e.g. -labels FS_white_matter

     For convenience, there are 2 label groups:

        FS_white_matter (as in the example):

             Left-Cerebral-White-Matter  Left-Cerebellum-White-Matter
             Right-Cerebral-White-Matter Right-Cerebellum-White-Matter
             CC_Posterior CC_Mid_Posterior CC_Central CC_Mid_Anterior
             CC_Anterior Brain-Stem

        FS_ventricles

             Left-Lateral-Ventricle Left-Inf-Lat-Vent
             3rd-Ventricle 4th-Ventricle CSF
             Right-Lateral-Ventricle Right-Inf-Lat-Vent 5th-Ventricle

   -logfile             : specify rank log file

      e.g. -logfile aparc+aseg_rank.niml.lt.log

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R Reynolds    May, 2016
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