AFNI program: quickspecSL

Output of -help


Overview ~1~ 

This program makes a *.spec file after a set of intermediate surfaces 
have been generated with SurfLayers. 

It can also make a *.spec file that relates inflated surfaces to
anatomically-correct surfaces. An example of this is shown below in
the "Usage Example" section.

Options ~1~

  -surf_A   SA   :inner (anatomically-correct) boundary surface dataset
                  (e.g. smoothwm.gii)

  -surf_B   SB   :outer (anatomically-correct) boundary surface dataset
                  (e.g. pial.gii)

  -surf_intermed_pref  SIP 
                 :prefix for (anatomically-correct) intermediate surfaces,
                  typically output by SurfLayers 
                  (def: isurf)

  -infl_surf_A  ISA 
                 :inner (inflated) boundary surface dataset
                  (e.g. infl.smoothwm.gii)

  -infl_surf_B  ISB  
                 :outer (inflated) boundary surface dataset
                  (e.g. infl.pial.gii)

  -infl_surf_intermed_pref  ISIP
                 :prefix for (inflated) intermediate surfaces,
                  typically output by SurfLayers 
                  (def: infl.isurf)

  -both_lr       :specify an output spec for both hemispheres, 
                  if surfaces for both exist

  -out_spec      :name for output *.spec file 
                  (def: newspec.spec) 

Examples ~1~

  1) 

    quickspecSL                                  \
        -surf_A    lh.white.gii                  \
        -surf_B    lh.pial.gii                   \
        -surf_intermed_pref  lh.isurf


  2) 

    quickspecSL                                  \
        -both_lr                                 \
        -surf_A lh.white.gii                     \
        -surf_B lh.pial.gii


  3) First, make inflated boundary surfaces before running SurfLayers
     on the both those and the original surfaces:

    SurfSmooth -i rh.smoothwm.gii -met NN_geom -Niter 240    \
        -o_gii -surf_out rh.inf.smoothwm_240 -match_size 9

    SurfSmooth -i rh.pial.gii -met NN_geom -Niter 240        \
        -o_gii -surf_out rh.inf.pial_240 -match_size 9

    quickspecSL                                              \
        -surf_A             rh.white.gii                     \
        -surf_B             rh.pial.gii                      \
        -surf_intermed_pref rh.isurf                         \
        -infl_surf_A        rh.inf.smoothwm_240.gii          \
        -infl_surf_B        rh.inf.pial_240.gii              \
        -infl_surf_intermed_pref  infl.rh.isurf

Notes ~1~

If you have any questions, please contact:

   S. Torrisi (salvatore.torrisi@ucsf.edu) 
   D. Glen    (glend@mail.nih.gov) 

for more info.
This page auto-generated on Tue Dec 17 06:55:57 PM EST 2024