Doxygen Source Code Documentation
Test_AFNI_IndexChange.m
Go to the documentation of this file.00001 %script Test_AFNI_IndexChange
00002 %
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00004 %
00005 %Purpose:
00006 %
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00008 %
00009 %Input:
00010 %
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00013 %Output:
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00019 %Key Terms:
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00021 %More Info :
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00023 %
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00025 %
00026 % Author : Ziad Saad
00027 % Date : Fri Sep 8 14:02:23 PDT 2000
00028 % LBC/NIMH/ National Institutes of Health, Bethesda Maryland
00029
00030
00031 %Debug Flag
00032 DBG = 1;
00033
00034 clear all
00035
00036 %create a colormap
00037 OptMap.Range = 1; OptMap.SkipLast = 0; OptMap.Showme = 0;
00038 [err, ColMap] = MakeColorMap ([0 0 0; 1 1 1], 256, OptMap);
00039 colormap(ColMap);
00040
00041 %load the brik
00042 [err, V, Info] = BrikLoad('ARzs_CW_avvr+orig.HEAD');
00043
00044 Opt.plane = 'Ax';
00045 Opt.iSlc = [2 11]; %as shown in the AFNI slider bar
00046 [err, slc, slcDisp] = GetAfniSlice (V, Info, Opt);
00047
00048 OptDisp.handle = 1;
00049 OptDisp.subplot = [2 1];
00050 OptDisp.colrange = [2 98];
00051 OptDisp.plane = Opt.plane;
00052 OptDisp.Info = Info;
00053 OptDisp.iSlc = Opt.iSlc;
00054
00055
00056 [err] = DisplayAfniSlice (slcDisp, OptDisp);
00057
00058 fprintf(1,'\nLeft click at 4 different locations in the top image.\n');
00059 [I, J] = ginput (4); %choose 4 points on slice 1
00060 Iorig = [round(I(:)-1) round(J(:)-1) OptDisp.iSlc(1).*ones(size(I(:)))]
00061
00062
00063 %show these points
00064 slcDisp.M(Iorig(1,2),Iorig(1,1) ,1) = 256;
00065 slcDisp.M(Iorig(2,2),Iorig(2,1),1) = 256;
00066 slcDisp.M(Iorig(3,2),Iorig(3,1),1) = 256;
00067 slcDisp.M(Iorig(4,2),Iorig(4,1),1) = 256;
00068
00069 [err] = DisplayAfniSlice (slcDisp, OptDisp);
00070
00071 Iorig
00072 [err, Itrans] = AFNI_IndexChange (Info, Iorig, 'D2A') ;
00073 Itrans
00074 [err, Itrans] = AFNI_IndexChange (Info, Itrans, 'A2D') ;
00075 Itrans
00076
