AFNI program: @SSwarper

Output of -help



Script to skull-strip and warp to the MNI 2009 template.

Usage: @SSwarper T1dataset SubID [minp]

T1dataset = a T1-weighted dataset, not skull-stripped,
            with resolution about 1 mm.
SubID     = name code for output datasets (e.g., 'sub007').
minp      = optional: minimum patch size on final 3dQwarp
                      (if not given, 11 is used)

The template dataset MNI152_2009_template.nii.gz is supplied
with AFNI binaries and is described later in this help.

Outputs:
--------
Suppose the SubID is 'sub007' (because you scanned Bond, James Bond?).
Then the outputs from this script will be

  anatU.sub007.nii        = intensity uniform-ized original dataset;
  anatS.sub007.nii        = first pass skull-stripped original dataset;
  anatSS.sub007.nii       = second pass skull-stripped original dataset;
  anatQQ.sub007.nii       = skull-stripped dataset nonlinearly warped to
                            MNI template space;
  anatQQ.sub007.aff12.1D  = affine matrix to transform original dataset
                            to MNI template space;
  anatQQ.sub007_WARP.nii  = incremental warp from affine transformation
                            to nonlinearly aligned dataset;
  AMsub007.jpg            = 3x3 snapshot image of the anatQQ.sub007.nii
                            dataset with the edges from the MNI template
                            overlaid -- to check the alignment;
  MAsub007.jpg            = similar to the above, with the roles of the
                            template and the anatomical datasets reversed.

* The .aff12.1D and _WARP.nii transformations need to be catenated to get
  the full warp from orginal space to MNI space; example:
    3dNwarpApply -nwarp 'anatQQ.sub007_WARP.nii anatQQ.sub007.aff12.1D' ...

* It is important to examine (at least) the two .jpg snapshot images to
  make sure that the skull-stripping and nonlinear warping worked well.

* The inputs needed for the '-tlrc_NL_warped_dsets' option to afni_proc.py
  are (in this order):
    anatQQ.sub007.nii anatQQ.sub007.aff12.1D anatQQ.sub007_WARP.nii

* When B-O-B uses this script for skull-stripping plus warping, He
  gives afni_proc.py these options (among others), after running
  @SSwarper successfully -- here, 'subj' is the subject identifier:

  set tpath = `@FindAfniDsetPath MNI152_2009_template.nii.gz`
  if( "$tpath" == "" ) exit 1
  afni_proc.py [...other stuff here...]                             \
    -copy_anat anatSS.${subj}.nii -anat_has_skull no                \
    -align_opts_aea -ginormous_move -deoblique on -cost lpc+ZZ      \
    -volreg_align_to MIN_OUTLIER -volreg_align_e2a                  \
    -volreg_tlrc_warp -tlrc_base $tpath/MNI152_2009_template.nii.gz \
    -tlrc_NL_warp                                                   \
    -tlrc_NL_warped_dsets                                           \
       anatQQ.${subj}.nii                                           \
       anatQQ.aff12.1D                                              \
       anatQQ.${subj}_WARP.nii

The Template Dataset
--------------------
The file MNI152_2009_template.nii.gz has 5 volumes:
  [0] = skull-stripped template brain volume
  [1] = skull-on template brain volume
  [2] = weight mask for nonlinear registration, with the
        brain given greater weight than the skull
  [3] = binary mask for the brain
  [4] = binary mask for gray matter plus some CSF (slightly dilated)
        -- this volume is not used in this script
        -- it is intended for use in restricting FMRI analyses
           to the 'interesting' parts of the brain
        -- this mask should be resampled to your EPI spatial
           resolution (see program 3dfractionize), and then
           combined with a mask from your experiment reflecting
           your EPI brain coverage (see program 3dmask_tool).

You Know My Methods, Watson
---------------------------
#1: Uniform-ize the input dataset's intensity via 3dUnifize.
     ==> anatU.sub007.nii
#2: Strip the skull with 3dSkullStrip, with mildly agressive settings.
     ==> anatS.sub007.nii
#3: Nonlinearly warp (3dQwarp) the result from #1 to the skull-on
    template, driving the warping to a medium level of refinement.
#4: Use a slightly dilated brain mask from the template to
    crop off the non-brain tissue resulting from #3 (3dcalc).
#5: Warp the output of #4 back to original anatomical space,
    along with the template brain mask, and combine those
    with the output of #2 to get a better skull-stripped
    result in original space (3dNwarpApply and 3dcalc).
     ==> anatSS.sub007.nii
#6  Restart the nonlinear warping, registering the output
    of #5 to the skull-off template brain volume (3dQwarp).
     ==> anatQQ.sub007.nii (et cetera)
#7  Use @snapshot_volreg3 to make the pretty pictures.
     ==> AMsub007.jpg and MAsub007.jpg

Temporary Files
---------------
If the script crashes for some reason, it might leave behind files
whose names start with 'junk.SSwarper' -- you should delete these
files manually.

-------------------------------------------------------
Author: Bob, Bob, there is one Bob, He spells it B-O-B.
-------------------------------------------------------


This page auto-generated on Wed May 23 20:29:33 EDT 2018